Apabila beliau menjadi paus pada tahun 1978 pada usia 58, John Paul II ialah seorang olahragawan yang aktif. Beliau sangat sihat dan aktif, berjoging di taman Vatikan, latihan berat, berenang, dan mendaki gunung. Beliau meminati sukan bola sepak. Media membandingkan atletisme baru Paus dengan tokoh Paus John Paul I dan Paus Paul VI yang keadaan kesihatannya buruk, kegemukan Paus John XXIII dan Paus Pius XII yang sakit. Paus moden dengan kesihatan yang baik ialah Paus Pius XI (1922-1939), yang merupakan pendaki gunung.[69][70] Satu artikel Irish Independent pada tahun 1980 melabelkan John Paul II sebagai paus yang "menjaga kesihatan".

Walau bagaimanapun, selepas dua puluh lima tahun sebagai paus, dua percubaan pembunuhan, salah satunya telah mencederakannya, dan beberapa penyakit kanser, kesihatan fizikal John Paul merosot. Pada tahun 2001, beliau didiagnosis menderita penyakit Parkinson.[71] Pemerhati antarabangsa telah mengesyaki ini untuk beberapa waktu, tetapi ia hanya dikenali secara umum oleh Vatikan pada tahun 2003. Walaupun kesukaran bercakap lebih daripada beberapa ayat pada satu masa, masalah pendengaran, dan osteoarthrosis yang teruk, beliau terus melawat dunia walaupun jarang berada di khalayak ramai.