TPPA meliputi pelbagai isu yang disentuh secara menyeluruh dan keadaan ini banyak menimbulkan kontroversi dan menjadi topik perbincangan umum. Antara isu yang hangat dibincangkan ialah kos perubatan, paten, harta intelek, penyelesaian pertikaian antara pelabur dan negara, privasi, alam sekitar, hak pekerja, dan pertanian.

Di Malaysia, antara isu yang menjadi kebimbangan ialah dasar pemerolehan kerajaan, hak bumiputera yang melibatkan Petronas, Khazanah dan Kementerian Kewangan. Menurut Menteri Perdagangan Antarabangsa dan Industri Malaysia, Datuk Seri Mustapa Mohamed, disebabkan TPPA memerlukan kerajaan Malaysia mengikut standard peraturan tertentu, Petronas dan Khazanah memerlukan tempoh untuk membuat sebarang perubahan peraturan kerana mereka perlu membawa sebarang cadangan kepada ahli lembaga pengarah terlebih dahulu.[2]