Falsafah Buddha dan Zen, dan pada tahap yang lebih kecil Konfusian mempengaruhi kebudayaan samurai termasuk Shinto. Meditasi menjadi ajaran penting dengan menawarkan proses untuk menenangkan fikiran seseorang. Konsep Buddha penjelmaan semula ( reincarnation ) dan kelahiran semula ( rebirth ) mendorong samurai untuk meninggalkan pembunuhan rambang dan penyiksaan. Sesetengah samurai bersara dari menjadi samurai dan menjadi sami Buddha selepas menyedari betapa sia-sia mereka membunuh.

Bushido, dimantapkan semasa tempoh Edo, adalah cara hidup samurai tetapi caranya yang ringkas mengelirukan mendorong kepada banyak pertikaian mengenai pemahamannya. Hagakure: The Book of the Samurai oleh Yamamoto Tsunetomo adalah buku panduan mengenai cara hidup samurai way of the samurai. Walaupun ketika diterbitkan, ia menimbulkan beberapa penelitian reviews yang mengkritik pemahaman tegas dan tidak mesra impersonal. Sekiranya seseorang tuan lord salah, sebagai contoh dia memerintah menyembelihan orang awam, patutkah dia dipatuhi ketaatan untuk menyembelih seperti yang diperintahkan atau dia patut mematuhi Rectitude untuk membenarkan orang awam lepas lari? Jika seseorang mempunyai keluarga yang sakit tetapi melakukan kesilapan yang tidak dapat diperbetulkan, patutkah dia memelihara Kehormatannya dengan melaksanakan Seppuku atau dia patut menunjukkan Keberanian dengan hidup terhina dan menjaga keluarganya?

Kejadian Empat puluh tujuh Ronin telah menimbulkan pertikaian mengenai apakah tepat tindakan mereka dan bagaimana bushido perlu dilaksanakan. Secara tidak langsung, mereka telah membelakangi shogun dengan mengambil tindakan tersendiri tetapi ia juga merupakan adalah tindakan Ketaatan dan Rectitude. Akhirnya, tindakan mereka dipersetujui sebagai Rectitude tetapi bukannya Ketaatan kepada shogun. Ini menjadikan mereka penjenayah dengan kesedaran ( conscience ) dan layak untuk melakukan seppuku.

Penjelasan mengenai shudo dalam Hagakure menjadi isu hangat ( highly controversial ) walaupun pada masa di mana perlakuan sebegitu adalah biasa. Ia menjelaskan salah satu kelakuan samurai cinta platonik ( platonic love ) yang kadang-kala merupakan hubungan homoseksual antara samurai. Walaupun ini tidak dianggap jenayah pada masa itu dan tidak dilarang secara jelas oleh agama mereka, pemikiran bahawa sesetengah samurai mendapat pangkat melalui daya seksual sudah cukup untuk menyebabkan kekecohan. Samurai bukannya pelacur dan mereka mendapat pangkat melalui kemahiran dan keupayaan mereka dan bukannya dengan tidur bersama.

Buku kenjutsu paling terkenal pada masa itu, atau penggunaan pedang, bertarikh dari tempoh ini (Miyamoto Musashi The Book of Five Rings, 1643). Tetapi sebahagian besar buku ini menumpu kepada keadaan pemikiran bertempur ( mentalities of fighting ). Kebanyakan buku kenjutsu dari tempoh Edo juga memusat kepada segi kerohanian spiritual aspects selain untuk mematuhi arahan bahawa latihan kenjutsu adalah untuk membina watak seseorang samurai.