Padang bola sepak telah wujud di Sarawak sebelum berlakunya Perang Dunia I, padang-padang tersebut terletak di Bau, Buso, bidi ,Sungei Tengah dan Dalian. Pemain-pemain yang bermain terdiri daripada kakitangan kerajaan yang berasal dari Eropah dan Asia. Pada tahun 1924, Kuching Wanderers telah diwujudkan.

Pada 16 Januari 1926, Wanderers dibentuk menjadi "Kuching Football Club" dan sehingga 1933, orang Eropah yang berada di Kuching membentuk dua pasukan dan bermain sebanyak dua kali seminggu, dan perlawanan tambahan dimainkan di dalam Piala James Buchanan, dinamakan sempena James Buchanan, Presiden Amerika Syarikat ke-15. Bagaimanapun, pertandingan terpaksa diberhentikan akibat kemerosotan ekonomi dan pulangnya pemain pemain bola ke negara asal mereka. Dan akhirnya pada tahun 1934, Persatuan Bola Sepak Kuching diasaskan.

Semasa tahun 1970-an, Pengurusan Bolasepak Sarawak mengalami kemerosotan dan hampir muflis. Kemudian "Persatuan Bola Sepak Sarawak" telah ditubuhkan pada tahun 1974 oleh Allahyarham Datuk Haji Taha Ariffin, dengan bantuan daripada Kerajaan Sarawak. Datuk Haji Taha Ariffin dan senegara beliau telah menubuhkan persatuan itu, menulis semula perlembagaan, dan membuat rombakan utama pengurusan lama. Dengan penubuhan "Piala Sarawak:, Persatuan berlalu dengan sangat besar, dan kemudian Dianjurkan "Piala Borneo" (Borneo Cup) untuk menyediakan latihan dan pengalaman untuk pasukan yang baru dibentuk.

Selepas kejayaan Piala Sarawak dan Piala Borneo, Sarawak FA menghantar pasukan pertama mereka untuk Piala Presiden Malaysia (dahulunya dikenali sebagai 'Piala Burnley'), sebelum mengambil bahagian dalam pertandingan Piala Malaysia,acara bola sepak berprestij di negara ini, pada 1979.

Selepas sedekad lain kemajuan yang perlahan, pada tahun 1988, jurulatih baru, Awang Mahyan Awang Mohamad memperkenalkan slogan "Ngap Sayot dan membawa pasukan itu untuk Piala Malaysia separuh akhir pertama, menewaskan beberapa kali disifatkan menjadi lebih kuat daripada Sarawak FA, contohnya pasukan negeri Selangor FA, Kedah FA, Kuala Lumpur FA, dan Pahang FA. Pada tahun 1989, Sarawak FA sekali lagi muncul untuk berada pada landasan untuk membuat akhir pertama mereka dalam pertandingan itu, tetapi salah fikiran pengadil semasa perlawanan suku akhir di Kuala Lumpur,menyebabkan mereka tewas. Kejadian itu dianggap sangat tegang,sehingga dikatakan mengugat integrasi nasional dan menyebabkan FAS untuk menarik diri dari Persatuan Bola Sepak Malaysia (FAM) untuk sementara waktu.

Pada masa ini, di bawah pengurusan Awang Mahyan Awang Mohamad dan Alan Vest, pasukan itu telah meningkat naik dari underachiever kepada pasukan yang digeruni. Berikutan penambahan pemain asing pada awal tahun 1990-an, Sarawak FA memenangi Liga Perdana Malaysia dan Piala Sumbangsih. Mereka juga mencipta sejarah apabila mara ke perlawanan akhir Piala Malaysia pada tahun 1999, namun tewas 2-1 kepada Brunei. Mereka juga pernah tersingkir daripada Liga Super apabila berada di tempat corot pada musim 2007-2008,namun mereka berjaya kembali ke Liga tersebut.