Kedatangan pendatang Eropah

• 1521: Antonio Pigafetta, seorang penulis sejarah Ferdinand Magellan tiba di Brunei dan telah disambut secara besar-besaran
• 1526: Orang Portugis yang diketuai oleh Menezes melawat Brunei
• 1577: Kuasa Sepanyol telah menakluk Filipina dan juga menyerang Brunei. Kesultanan Sulu juga ditakluk oleh Sepanyol.[5]
• 1609: Belanda telah mendirikan pangkalan dagangan di Batavia (Jakarta), Jawa.
• 1658: Sultan Brunei telah menghadiahkan kawasan timur laut Borneo kepada Sultan Sulu sebagai penghargaan baginda terhadap Sultan Sulu dalam menyelesaikan perang saudara di antara Sultan Abdul Mubin dengan Pengeran Mohidin. Persengketaan dalaman kerajaan Brunei merupakan satu faktor yang menyebabkan kejatuhan empayar tersebut.
• 1665: Kapten Cowley telah melawat Borneo dan beliau merupakan orang Inggeris pertama yang melakukan lawatan ke Borneo.

Balambangan

Dalam tahun 1761, Alexander Dalrymple seorang pegawai dari Syarikat Hindia Timur Inggeris di Madras, India telah membuat satu perjanjian dengan Sultan Sulu yang membenarkan beliau membuka satu pangkalan perdagangan di kawasan Borneo Utara. Beliau telah memilih Pulau Balambangan kira-kira 20 batu nautika dari utara bandar Kudat. Pada tahun 1763, Dalrymple telah mengibarkan bendera British di Balambangan dan menamakan pulau itu ' Felecia'. Kemudian seorang pegawai iaitu John Herbert dihantar untuk mendirikan penempatan di Felecia (Balambangan). Namun begitu penempatan ini menghadapi masalah sejak ia dimulakan. Kepincangan urusan pentadbiran, rompakan di laut dan kemusnahan kebakaran telah membawa kehancuran kepada pangkalan dagangan ini pada akhir 1775. Satu usaha untuk menyusun semula pangkalan ini telah dilakukan pada 1803 oleh General Gabenor India, Lord Arthur Wellesley melalui pegawainya Robert J. Farquhar, Residen di Amboina. Dalam usaha ini Felicia telah dijadikan stesen ketenteraan tetapi usaha tersebut gagal dan stesen ini ditinggalkan pada November 1805. Perhatian British kemudian beralih kepada kawasan lain di gugusan pulau Melayu.

Labuan

Minat British terhadap Borneo Utara dihidupkan semula selepas tempoh 40 tahun khususnya Labuan, sebuah pulau yang terletak di sebelah barat laut Borneo. Pada 1844, James Brooke berunding dengan Sultan Brunei tentang penyerahan pulau Labuan untuk digunakan oleh British sebagai tempat melombong batu arang di samping menjadikan satu pangkalan untuk membenteras kegiatan lanun serta meningkatkan perdagangan.

Pada 18 Disember 1846, satu perjanjian telah ditandatangani yang menyebabkan Pulau Labuan dan pulau-pulau kecil yang berhampiran diserahkan buat selamanya oleh Sultan Brunei Sultan Omar Ali Saifuddin II kepada pihak British.[6] Brooke telah menjadi Gabenor Labuan yang pertama dan Konsul Besar di Borneo. William Napier dilantik menjadi Timbalan Gabenor, Sir Hugh Low sebagai Setiausaha Kolonial dan Spencer St. John sebagai setiausaha sulit kepada Brooke. Labuan tidak mampu berkembang seperti mini Singapura atau Pulau Pinang, seperti yang diharapkan oleh pengasasnya.

Iklim yang tidak memuaskan, serangan malaria dan kekurangan kemudahan asas telah menjadi faktor penghalang kepada pembangunan pulau tersebut. Rentetan sejarah Labuan boleh dilihat daripada pelbagai perubahan pentadbirannya. Pada tahun 1890, Labuan telah diletakkan di bawah pentadbiran Syarikat Berpiagam Borneo Utara British. Pada 1907, ia diletakkan di bawah kerajaan Negeri-negeri Selat. Selepas Perang Dunia Kedua, Labuan menjadi sebahagian daripada jajahan Borneo Utara. Kemudian pada 16 April 1984, Labuan telah menjadi sebahagian daripada Wilayah Persekutuan Malaysia.