Hankou dan Wuchang wujud sejak era akhir Dinasti Ming sudah menjadi bandaraya yang tersusun pembangunannya. Pada akhir Dinasti Qing dan era awal Republik Rakyat China, Wuhan muncul sebagai bandar raya terbesar di China, serta bandar raya yang paling maju dan makmur daripada segi ekonomi. Ini kerana bandaraya ini terletak di sepanjang pantai Yangtze, dan pusat pengangkutan jalan raya dan kereta api di samping mempunyai pembangunan perindustrian yang pesat. Revolusi Wuhan berlaku di bandar raya ini pada tahun 1911.

Pada tahun 1927, Kerajaan Pusat pada waktu itu memindahkan ibu negara ke Wuhan, dan buat pertama kalinya mencantumkan Wuchang, Hankou, dan Hanyang kepada satu daerah besar yang bernama Jingzhao.

Ketika banjir China pada 1931, Wuhan dijadikan sebagai tempat perlindungan sementara bagi mangsa-mangsa banjir yang muncul sejak lewat musim bunga. Namun begitu, bandar Wuhan sendiri mula dibanjiri air apabila memasuki musim panas, dan peristiwa ban pecah pada 27 Julai menyebabkan hampir 800 ribu orang kehilangan tempat tinggal, manakala bandar Wuhan tenggelam selama hampir tiga bulan.[6] Pada Julai 1954, kawasan Hubei mengalami sebuah lagi banjir pada skala besar-besaran akibat Sungai Yangtze yang melimpah melebihi paras biasa disebabkan oleh musim hujan yang begitu lama pada musim bunga sebelumnya.

Insiden Wuhan, sebuah rusuhan awam berlaku pada Julai 1967 akibat pertelingkahan dua puak yang ingin mendapatkan kawalan terhadap pentadibiran bandar, dan berlaku pada kemuncak Revolusi Kebudayaan.[7]

Pada 3 Julai 2010, Wuhan mengalami gelombang panas yang berlaku di kawasan Hemisfera Utara secara amnya.[8] Keitka banjir selatan China 2010, Sungai Han di Wuhan mengalami banjir yang terburuk sejak 20 tahun lalu.[9] Wuhan sekali lagi mengalami banjir pada tahun berikutnya. Sebuah lagi banjir besar berlaku di Wuhan pada Julai 2016, menyebakan sekurang-kurangnya 14 orang mangsa terkorban, dan lebih daripada 80 ribu orang penduduk dipindahkan.[10]

Pada Disember 2019, Wuhan menjadi pusat permulaan sebuah wabak koronavirus jenis baharu, sejenis virus seperti SARS.[11] Wabak ini dipercayai oleh beberapa pihak bermula dari sebuah pasar laut di Wuhan, Pasar Borong Makanan Laut Huanan.[12] Pada Januari 2020, bandar Wuhan dikurung oleh pihak kerajaan China untuk memperlahankan wabak tersebut. Tindakan ini menyebabkan sistem pengangkutan awam bandar tergantung.[13]