UMNO (2000 – 2009)

Beliau menganggotai UMNO pada tahun 2000. Pada tahun 2001, Zaid telah dipilih sebagai Ketua UMNO bahagian Kota Bharu. Beliau juga pernah diberi kepercayaan dilantik sebagai Timbalan Pengerusi Badan Perhubungan UMNO negeri Kelantan pada tahun 2003.

Zaid pernah menjadi ahli parlimen Kota Bharu dari tahun 2004 ke 2008. Beliau yang mewakili Barisan Nasional - UMNO mengalahkan calon dari Parti Keadilan Rakyat.

Semasa di bawah pimpinan Perdana Menteri Malaysia ke-5, beliau dilantik menjadi Menteri di Jabatan Perdana Menteri Malaysia mengambil tugas hal ehwal Undang-Undang.

Pada 10 November 2008, Zaid menerima surat tunjuk sebab dari UMNO berkaitan dengan surat terbukanya kepada Perdana Menteri Malaysia , Datuk Seri Abdullah Ahmad Badawi dan perjumpaannya dengan ahli-ahli Parlimen berhubung desakan memansuhkan Akta Keselamatan Dalam Negeri (ISA). Beliau juga menyertai majlis anti-ISA anjuran Pakatan Rakyat di Parlimen dan mempersoalkan status orang Melayu. Dalam Persidangan LawAsia 2008 Zaid menyifatkan konsep ketuanan Melayu menyebabkan berlaku pembaziran sumber, tenaga dan masa yang penting dalam menangani isu sebenar di negara ini.[4]Pengerusi Badan Perhubungan UMNO Perlis, Datuk Seri Dr Shahidan Kassim mendesak Zaid keluar dari rumpun bangsa Melayu. [5] Peguam Malik Imtiaz Sarwar telah diarah menjawab bagi pihak dirinya.[6]

Pada 15 September 2008 ,Zaid meletak jawatan sebagai Menteri di Jabatan Perdana Menteri kerana tidak dapat menerima penggunaan ISA terhadap pengamal media , orang awam dan ahli politik. Pendiriannya berbeza dengan Perdana Menteri Malaysia, Datuk Seri Abdullah Ahmad Badawi , barisan kabinet dan pemimpin UMNO.

Pada 3 Disember 2008, Datuk Zaid Ibrahim dipecat daripada UMNO ekoran beberapa tindakan beliau, termasuk menghadiri perhimpunan parti pembangkang dan menyalahi peraturan parti. Zaid dilaporkan menghadiri majlis perasmian Kongres Nasional Tahunan Parti Keadilan Rakyat (PKR) di Stadium Melawati, Shah Alam . Sebelum itu beliau juga dilaporkan mengadakan pertemuan dengan Ketua Menteri Pulau Pinang, Lim Guan Eng di Pulau Pinang yang turut dihadiri anggota Parlimen Ipoh Timur, Lim Kit Siang. Pemecatan Zaid berdasarkan prinsip dan mematuhi garis panduan parti dan Majli Tertinggi UMNO sebulat suara memecatnya.[7]

Parti Keadilan Rakyat (PKR) (2009 – 2010)

Pada 13 Jun 2009, Zaid menyertai PKR di Bangi, Selangor. Hal ini tidak mngejutkan kerana beliau banyak kali hadir dalam majlis anjuran PKR dan Pakatan Rakyat. Beliau akan dilantik dalam Majlis Tertinggi PKR dan AJK Biro Politik PKR. Anwar Ibrahim menyifatkan Zaid sebagai serius mempertahankan hak asasi dan kebebasan badan kehakiman di Malaysia. Sikap ketegasan dan keberanian beliau memperjuangkan isu hak asasi, kebebasan, proses demokrasi dan bebebasan badan kehakiman.[8]

Datuk Zaid Ibrahim dipilih sebagai calon Parti Keadilan Rakyat (PKR) bagi pilihan raya kecil parlimen Hulu Selangor 2010. Mesyuarat Biro politik PKR di rumah Datuk Seri Anwar Ibrahim memilih Zaid sebulat suara. Zaid dilihat tokoh besar dan berwibawa, kerana beliau merupakan bekas menteri yang bertanggungjawab mengenai hal-ehwal perundangan ketika dalam barisan kabinet bekas Perdana Menteri, Tun Abdullah Ahmad Badawi sebelum menyertai PKR. Nama beliau diumumkan dalam satu ceramah di Serendah.

Pada 7 Disember 2009, beliau menyaman penulis blog A Kadir Jasin kerana didakwa memfitnahnya sebagai "pengacau" dalam parti itu, Oktober 2009. Beliau menuntut Datuk Kadir membayar ganti rugi dan memohon maaf kepadanya berhubung artikel 'Zaid, the Hurricane Hattie of PR' di blognya pada 21 Oktober 2009.[9]

Pada 6 Mei 2010, satu protes oleh Majlis Gabungan NGO Pembela Negara (MAGARAN) di hadapan ibu pejabat PKR di Tropicana, Petaling Jaya menuntut Zaid Ibrahim memohon ampun kepada Sultan Sharafuddin Idris Shah kerana mempersendakan titah perintah Sultan Selangor. Ia terdiri daripada Persatuan Kebajikan Islam Selangor, Gabungan Graduan Melayu Muda, Pertubuhan Anak-Anak Bugis Negara dan Persatuan Pembela Perlembagaan Persekutuan. Zaid dalam blog dan disiarkan dalam akhbar tabloid Suara Keadilan bahawa sekarang 'bukan zaman feudal' ketika merujuk kepada titah Sultan Selangor yang melarang penggunaan masjid dan surau sebagai gelanggang berpolitik. Ia tidak dirujuk kepada Majlis Agama Islam Selangor (MAIS). [10]

Pada 16 Oktober 2010, Zaid Ibrahim mengumumkan tawaran dirinya untuk bertanding untuk jawatan Timbalan Presiden dalam Pemilihan Parti pada tahun tersebut.[11] Akan tetapi, pada 8 November 2010, gara-gara dakwaan bahawa pemilihan parti dicemari kecacatan dan tidak telus, Zaid mengumumkan penarikan dirinya daripada pertandingan jawatan timbalan presiden sambil meletak semua jawatannya dalam parti.[12] Pada 14 November, Zaid secara rasminya mengumumkan pengunduran diri dari Parti Keadilan Rakyat[13]. Perletakan jawatannya sebagai ahli PKR diterima oleh parti serta-merta pada 22 November[14] (walaupun menyerahkan notis supaya beliau berundur secara rasmi pada 16 Disember), dan beliau meluahkan hasrat untuk menubuhkan parti baru menjelang pilihan raya umum ke-13.[15]

Parti Kesejahteraan Insan Tanah Air (KITA) (2010 – 2012)

Pada 13 Disember 2010, Angkatan Keadilan Insan Malaysia (AKIM), sebuah parti pembangkang kecil yang bertapak di Kelantan, mengumumkan penyertaan Zaid Ibrahim sebagai ahli parti, dengan harapan agar beliau memimpin dan merombak AKIM supaya menjadi parti politik yang berdaya maju untuk pilihan raya umum ke-13.[16] Parti itu juga menjelaskan bahawa Zaid sudah menyerahkan permohonan keahliannya untuk menyertai AKIM pada November 2010 selepas PKR menerima perletakan jawatan beliau.

Pada mesyuarat am tahunan parti ini pada 15 Disember 2010, Datuk Mohamad Zaid Ibrahim dilantik sebagai presiden baru parti, menggantikan Zakaria Salleh.[17] Pihak AKIM juga mengumumkan hasratnya untuk menukar nama parti menjadi Parti Kesejahteraan Insan Tanah Air (KITA).[18] Zaid Ibrahim juga mengumumkan bahawa KITA akan menjadi sebuah parti demokratik berbilang kaum yang terbuka kepada semua kaum di Malaysia, biarpun saiznya masih kecil, namun ia bermatlamat untuk meninggalkan impak dalam arena politik Malaysia dengan memberikan tumpuan kepada matlamat jangka panjang.[19]

Zaid Ibrahim telah meletak jawatan sebagai ketua parti KITA pada 2012.[20]

Parti Tindakan Demokratik (DAP) (2017 – )

Zaid Ibrahim telah menyertai Parti Tindakan Demokratik (DAP) pada 7 Februari 2017.[21]