Sunda Kelapa

Bukti tertua tentang kewujudan pemukiman yang sekarang bernama Jakarta ialah Prasasti Tugu yang tertanam di desa Batu Tumbuh, Jakarta Utara. Prasasti tersebut adalah berkait dengan empat buah prasasti lain yang berasal dari zaman Kerajaan Tarumanagara, kerajaan Hindu yang ketika itu diperintah oleh Raja Purnawarman. Berdasarkan Prasasti Kebun Kopi, nama Sunda Kalapa (Sunda Kelapa) pada dirinya diperkirakan baru muncul pada abad ke-10.

Pemukiman tersebut berkembang menjadi sebuah pelabuhan yang kemudian juga dikunjungi oleh kapal-kapal asing. Sehingga ketibaan orang Portugis, Sunda Kalapa masih di bawah kekuasaan kerajaan Pakuan Pajajaran, kerajaan Hindu yang lain. Sementara itu, Portugis telah berjaya menguasai Melaka dan pada tahun 1522, Alfonso de Albuquerque, gabenor Portugis, menghantar utusannya Enrique Leme yang didampingi oleh Tome Pires untuk menemui Raja Sangiang Surawisesa. Pada 21 Ogos 1522, sebuah perjanjian persahabatan ditandatangani antara Pajajaran dan Portugis. Langkah ini diambil oleh Raja Pakuan Pajajaran untuk memperoleh bantuan Portugis kerana menghadapi ancaman kerajaan Islam Demak yang telah memusnahkan beberapa kerajaan Hindu, termasuk Majapahit. Namun ternyata perjanjian ini sia-sia sahaja kerana ketika diserang oleh Kerajaan Islam Demak, Portugis tidak membantu mempertahankan Sunda Kalapa.

Jayakarta

Pada 22 Jun 1527, Pelabuhan Sunda Kalapa jatuh kepada tentera Demak di bawah Fatahillah, Panglima Perang Gujarat, India, dan namanya digantikan menjadi Jayakarta. Selepas Fatahillah berjaya mengalahkan dan mengislamkan Banten, Jayakarta dikuasai oleh Banten yang kini telah menjadi sebuah kesultanan. Orang Sunda yang mempertahankan Jayakarta dikalahkan dan mundur ke arah Bogor. Sejak dari masa itu dan selama beberapa dekad dalam abad ke-16, Jayakarta dihuni oleh orang Banten yang terdiri daripada orang yang berasal dari Demak dan Cirebon.

Jan Pieterszoon Coen dari Belanda memusnahkan Jayakarta dan menggantikan namanya menjadi Batavia pada tahun 1619. Sehingga masa itu, orang Banten bersama saudagar Arab dan Tionghoa tinggal di muara Sungai Ciliwung. Selepas ditawan oleh Belanda, semua penduduk kecuali orang Tionghoa berundur ke daerah Kesultanan Banten.

Batavia

Pieter Both yang menjadi Gabenor Jeneral Syarikat Hindia Timur Belanda (SHTB) yang pertama lebih suka akan Jayakarta sebagai pusat pentadbiran dan perdagangannya berbanding dengan pelabuhan Banten kerana pada waktu itu, Banten merupakan pusat perdagangan kepada banyak orang Eropah yang lain seperti Portugis, Sepanyol dan kemudiannya juga British, sedangkan Jayakarta masih merupakan sebuah pelabuhan yang kecil.

Pada tahun 1611, SHTB mendapat keizinan untuk membina sebuah rumah kayu dengan asas batu di Jayakarta sebagai pejabat perdagangannya. SHTB kemudian menyewa sebidang cerang sekitar 1.5 hektar di bahagian timur muara Sungai Ciliwung yang menjadi kompleks pejabat, gudang dan tempat tinggal orang Belanda. Bangunan utamanya dinamai Nassau Huis.

Ketika Jan Pieterszoon Coen menjadi Gabenor Jeneral (1618 – 1623), beliau membina lagi sebuah bangunan yang serupa dengan Nassau Huis yang dinamainya Mauritius Huis. Untuk perlindungan, sebuah tembok batu yang tinggi dibina dan ditempatkan beberapa laras meriam. Tidak lama kemudian, beliau membina lagi sebuah tembok setinggi 7 meter yang mengelilingi kawasan cerang yang disewa sehingga kini benar-benar merupakan sebuah benteng yang kukuh. Tujuan pembinaan tersebut adalah untuk menguasai Jayakarta.

Pada 30 Mei 1619, Belanda membalas budi baik Jayakarta yang memberi keizinan kepadanya untuk berdagang dengan membumihanguskan keraton serta hampir seluruh pemukiman penduduk. Berawal hanya daripada sebuah bangunan separuh kayu, akhirnya Belanda menguasai seluruh kota. Pada mula-mulanya, Coen ingin menamai kota ini sebagai Nieuwe Hollandia, namun de Heeren Seventien di Belanda memutuskan untuk menamai kota ini sebagai "Batavia" untuk mengenang bangsa Batavieren.

Pada 4 Mac 1621, pemerintahan Stad Batavia (kota Batavia) dibentuk. Jayakarta diratakan dan sebuah benteng dibina, dengan bahagian hadapannya digali parit. Di bahagian belakangnya dibina sebuah gudang yang juga dilindungi dengan parit, dan pagar besi. Pada tahun 1650 selepas 8 tahun pembinaan, luasnya kota Batavia telah menjadi tiga kali ganda, dengan kota Batavia terletak di selatan kubu yang juga dikelilingi oleh tembok-tembok dan dipotong-potong oleh banyak parit.

Pada awal abad ke-17, sempadan antara wilayah kekuasaan Banten dan Batavia mula-mula dibentuk oleh Kali Angke dan kemudiannya oleh Kali Cisadane. Kawasan di sekitar Batavia menjadi kosong, antara lain kerana para gerila Banten dan saki-baki perajurit Kesultanan Mataram (1628-1629) tidak mahu pulang, dan daerah di luar benteng dan tembok kota tidak aman.

Beberapa buah persetujuan bersama antara Batavia dengan Banten (1659 dan 1684) dan Mataram (1652) menetapkan kawasan antara Cisadane dan Citarum sebagai wilayah Syarikat Hindia Timur Belanda. Baru pada akhir abad ke-17 bahawa kawasan Jakarta sekarang mula dihuni orang lagi yang terdiri daripada kelompok abdi dan orang pribumi yang bebas.

Pada 1 April 1905, nama Stad Batavia diubah menjadi Gemeente Batavia dan kemudian pada 8 Januari 1935, nama kota ini diubah sekali lagi menjadi Stad Gemeente Batavia. Semasa pendudukan Jepun pada tahun 1942 dalam Perang Dunia II, nama Batavia digantikan menjadi "Jakarta" oleh pemerintahan Jepun untuk menarik hati para penduduk.