Industri utama Kyoto ialah IT dan elektronik. Di bandaraya ini terletaknya ibu pejabat syarikat-syarikat Nintendo, Intelligent Systems, TOSE, OMRON, Kyocera, Shimadzu Corp., Rohm, Horiba, Nidec Corporation, Nichicon, GS Yuasa dan Murata Machinery. Ibu pejabat Murata Manufacturing pula terletak di Nagaokakyō, di pinggiran Kyoto.

Pelancongan juga memainkan peranan penting dalam ekonomi Kyoto. Pusaka warisan kebudayaan Kyoto sentiasa dikunjungi oleh rombongan sekolah dari seluruh Jepun, dan juga pelancong asing. Pada tahun 2007, kerajaan bandaraya mengumumkan bahawa bilangan pelancong ke Kyoto telah memecah rekod untuk kali keenam berturut-turut.[5] Kyoto juga dipilih sebagai bandaraya kedua paling menarik di Jepun, mengikut kaji selidik jenama serantau.[6]

Kraftangan Jepun tradisional juga merupakan sebuah industri utama di Kyoto, kebanyakannya diusahakan oleh tukang-tukang kraf di kedai atau kilang kecil. Di Kyoto juga berdiamnya para penenun kimono yang terkenal, maka kota ini kekal sebagai pusat pengeluaran kimono utama. Perniagaan sebegini yang meriah pada abad-abad terdahulu, semakin berkurangan kerana jualan hasil tradisional tidak berkembang lagi.

Sebuah lagi industri tradisional di Kyoto ialah pembuatan arak sake, yang diterajui oleh syarikat Gekkeikan dan Takara Holdings yang bertapak di Kyoto. Perniagaan lain yang beribu pejabat di Kyoto termasuk syarikat pakaian Wacoal, syarikat pengangkutan penghantara Sagawa Express dan pengilang peralatan bengkel Volks.