Pokok koko berasal dari benua Amerika. Ia berasal dari Amerika Tengah dan sebahagian daripada Mexico. Lebih 5,000 tahun yang lalu, ia telah dimakan oleh budaya pra-Columbian di sepanjang Yucatán, termasuk kaum Maya, dan sejauh tamadun Olmeca dalam upacara keagamaan. Ia juga tumbuh di kaki Andes di lembah Amazon dan lembangan Orinoco di Amerika Selatan, di Colombia dan Venezuela. Koko liar masih tumbuh di sana. Julatnya mungkin lebih besar pada masa lalu; bukti julat pokok liarnya mungkin dikaburi oleh penanaman pokok koko di kawasan ini sejak jauh sebelum orang Sepanyol tiba. Analisis kimia baru dari sisa yang diekstrak dari tembikar yang digali di tapak arkeologi di Puerto Escondido, di Honduras, menunjukkan bahawa produk koko mula-mula diguna di sana antara 1500 dan 1400 SM. Bukti juga menunjukkan bahawa, lama sebelum rasa biji koko menjadi popular, pulpa manis buah koko, digunakan untuk membuat minuman tapai (5% alkohol), mula-mula menarik perhatian kepada pokok ini di benua Amerika.[7] Biji koko adalah mata wang biasa di seluruh Mesoamerika sebelum penaklukan Sepanyol.[8]

Pokok koko tumbuh di zon geografi yang terhad, kira-kira 20° ke utara dan selatan Khatulistiwa. Hampir 70% daripada tanaman dunia hari ini ditanam di Afrika Barat. Tumbuhan koko pertama kali diberi nama botani oleh ahli sains semulajadi Sweden Carl Linnaeus dalam pengelasan asalnya untuk dunia tumbuhan, di mana dia menyebutnya Theobroma ("makanan para dewa") kakao.

Koko adalah komoditi penting dalam Mesoamerika pra-Kolombia. Seorang askar Sepanyol yang merupakan sebahagian daripada penaklukan Mexico oleh Hernán Cortés memberitahu bahawa ketika Moctezuma II, maharaja Aztec, makan, dia tidak mengambil minuman lain selain coklat, dihidang dalam piala emas. Mengandungi vanila atau rempah-rempah lain, coklatnya dikacau sehingga berbuih yang cair di dalam mulut. Tidak kurang daripada 60 bahagian setiap hari dilaporkan mungkin telah diminum oleh Moctezuma II, dan 2,000 lagi oleh para bangsawan di istananya.[9]

Coklat diperkenalkan ke Eropah oleh orang Sepanyol, dan menjadi minuman popular pada pertengahan abad ke-17. Orang Sepanyol juga memperkenalkan pokok koko ke Hindia Barat dan Filipina. Ia juga diperkenalkan ke seluruh Asia dan ke Afrika Barat oleh orang Eropah. Di Gold Coast, Ghana moden, koko diperkenalkan oleh Ghana, Tetteh Quarshie.