Dikenali di seluruh dunia sebagai "Pulau Rempah," kepulauan Indonesia Maluku menyumbang pada pengenalan rempah aslinya pada masakan dunia. Rempah seperti pala, cengkeh, dan laos berasal dari Indonesia; sementara lada hitam, kunyit, sereh (serai), bawang merah, kayu manis, kemiri (Buah keras), ketumbar, dan asem jawa diperkenalkan dari India dan juga jahe (halia), daun bawang dan bawang putih diperkenalkan dari China. Rempah-rempah itu dari tanah besar Asia diperkenalkan awal sejak zaman kuno, oleh itu menjadi bahagian yang penting dan perlu masakan Indonesian.

Pada zaman kuno, kerajaan Sunda dan kemudian kesultanan Banten telah dikenali sebagai penghasil utama dunia lada hitam. Empayar kelautan Srivijaya dan Majapahit juga mempunyai manfaat dari perdangangan rempah mendatang keuntungan di antara kepulauan rempah ke China dan India, kemudian VOC juga bermanfaat dari perdagangan rempah sedunia ini. Kesukaan orang Indonesia pada makanan pedas dikayakan apabila orang Sepanyol memperkenalkan cabai (lada cili) dari dunai baru ke rantau ini pada kurun ke-16. Sejak itu sambal pedas menjadi sebahagian penting dari masakan Indonesia.

Suatu campuran rempah digunakan sebagai suatu asas untuk banyak hidangan Indonesia, termasuk penggabungan kayu manis,[petikan diperlukan] star anise,[petikan diperlukan] biji ketumbar, cumin,[petikan diperlukan] lada, cardamom[petikan diperlukan] dan cili,[petikan diperlukan] dengan penggubahan rempah berasaskan variasi serantau.