Manila Sepanyol diasaskan pada 24 Jun 1571 oleh tiga konkuistador, iaitu Martín de Goiti, Juan de Salcedo dan Miguel López de Legazpi. Pada tahun 1867, Kerajaan Sepanyol di Filipina menubuhkan perbandaran dan wilayah baru di selatan Daerah Morong di Nueva Ecija, di utara Wilayah Tondo dan Manila Diraja, lalu memencilkannya dari wilayah induk Nueva Ecija. Kerajaan penjajah membentuk Wilayah Manila daripada Wilayah Tondo di selatan dan dan wilayah terpencil Nueva Ecija di utara. Bahagian-bahagian di Tondo yang terlibat ialah Navotas, Malabon, dan Caloocan; dan Nueva Ecija pula ialah Mariquina, Balintawak, Caloocan, Pasig, San Felipe Neri (kini Mandaluyong), Las Piñas, Parañaque, dan Muntinlupa. Ibu kota Wilayah itu ialah Intramuros, sebuah kota bertembok di sepanjang tebing Sungai Pasig River dan pantai Teluk Manila. Pada zaman itu, Intramuros juga digelar Manila begitu sahaja.

Ketika berlangsungnya, Revolusi Filipina, Wilayah Manila ialah wilayah kelapan dan terakhir yang melancarkan pemberontakan terhadap Sepanyol, membuka laluan kepada penubuhan Republik Bersekutu Filipina (yang terdiri daripada Nueva Ecija, Pampanga, Bulacan, Tarlac, Laguna, Batangas, Cavite dan Manila). Wilayah Manila masih wujud sehingga tahun 1901, apabila wilayahnya dipecah-pecahkan oleh penjajah Amerika Syarikat.

Pada tahun 1901, Perhimpunan Filipina membentuk Bandaraya Manila yang terdiri daripada kawasan perbandaran Ermita, Intramuros (Kota Diraja Manila), Tondo, Santa Cruz, Sta. Ana, San Nicolas, San Miguel, Paco, Port Area, Pandacan, Sampaloc, Quiapo, Binondo, Malate, Sta. Mesa dan Singalong. Perbandaran Caloocan, Marikina, Pasig, Parañaque, Malabon, Navotas, San Juan, Makati, Mandaluyong (San Felipe Neri), Las Piñas, Muntinglupa dan Taguig-Pateros pula diperbadankan dalam wilayah baru iaitu Rizal yang menjadikan Pasig sebagai ibu kota.

Pada tahun 1941 ketika meletusnya Perang Dunia Kedua, Presiden Manuel L. Quezon membentuk Bandaraya Manila Raya sebagai langkah kecemasan, dengan menggabungkan kerajaan bandaraya dan perbandaran Manila, Bandaraya Quezon, San Juan del Monte, Caloocan, dsb, lalu melantik Jorge Vargas sebagai datuk bandar. Pada datuk bandarnya bertugas sebagai naib datuk bandar untuk kawasan masing-masing. Ini bertujuan memastikan Vargas, selaku leftenan utama hal-ehwal pentadbiran Quezon, boleh mendapat kedudukan berwibawa yang diiktiraf oleh undang-undang ketenteraan antarabangsa. Ketika itu, mereka belum pasti sama ada Tentera Diraja Jepun yang bersedia menduduki Manila akan mengiktiraf kewibawaan ahli-ahli kabinet Quezon. Bandaraya Manila Raya dibubarkan oleh Jepun ekoran pembentukan Suruhanjaya Eksekutif Filipina untuk mentadbir kawasan yang didudukinya di negara ini. Namun demikian, konsep Bandaraya Manila Raya menjadi contoh untuk Metro Manila, dan jawatan gabenor Metro Manila ditubuhkan sewaktu pemerintahan Marcos.

Pada tahun 1975, Presiden Ferdinand Marcos mengeluarkan Dekri Presiden 824 yang membentuk Kawasan Metropolitan Manila. Suruhanjaya Metropolitan Manila dibentuk untuk mentadbir metropolis yang memuncul ini. Marcos melantik isterinya Imelda Marcos sebagai gabenor Metro Manila.

Pada tahun 1986, Presiden Corazon Aquino mengeluarkan Perintah Eksekutif No. 392 untuk mengubah struktur Suruhanjaya Metropolitan Manila, lalu memberikan nama baru kepadanya iaitu Lembaga Metropolitan Manila.

Pada tahun 1995, menerusi Akta Republik 7924, Lembaga Metro Manila disusun semula lalu menjadi Lembaga Pembangunan Metropolitan Manila. Pengerusi agensi ini dilantik oleh Presiden dan tidak boleh memegang jawatan terpilih yang lain pada masa yang sama, seperti datuk bandar.