Pada tahun 2008, terdapat 511 sekolah rendah dan 220 sekolah rendah di Kawasan Ibu Negara.[13] Terdapat sekitar 81 institusi pengajian tinggi di sini. Kadar celik hurufnya sekitar 92.4%.[14] Sebagai pusat pendidikan negara, ramai penuntut dari wilayah luar datang ke Metro Manila untuk mengejar ilmu. Terdapat sebilamgan besar kawasan tumpuan khusus institusi pendidikan di Metro Manila, seperti "University Belt" dan Taft Avenue di Manila, Katipunan Avenue dan Fairview di Quezon, dan Sta. Mesa yang merentangi sempadan Manila, Quezon dan Mandaluyong. Di Metro Manila juga wujudnya banyak sekolah swasta yang dibuka oleh kumpulan agama, antaranya Universiti Ateneo de Manila oleh Jesuit, Universiti Santo Tomas oleh Mazhab Dominika, dan Universiti De La Salle oleh Persaudaraan La Salle. Tidak lupa juga institusi pendidikan biayaan kerajaan di sini seperti kampus Diliman dan Manila Universiti Filipina, kampus utama Philippine Science High School dan Manila Science High School.