Metro Manila terletak di sebuah segenting yang terbatas oleh Teluk Manila di barat dan Laguna de Bay di tenggara, dan direntasi oleh Sungai Pasig yang menghubungkan kedua-dua perairan itu. Bandaraya ini terletak di atas salah sebidang dataran banjir yang terbesar di negara. Kawasan ini dibatasi lagi oleh Bulacan di utara, Rizal di barat, Laguna di selatan dan Cavite di barat daya.

Metro Manila terletak di 14°40' U 121°3 T. Segenting berpaya yang menjadi tempat terletaknya sebahagian kawasan metropolitan barat ini, mempunyai purata ketinggian 10 meter. Bahagian timur pula terletak di atas rabung yang beransur menaik ke arah hilir bukit Sierra Madre dan melepasi lembah Sungai Marikina yang separa berpaya.

Jalan air utama di Metro Manila ialah Sungai Pasig yang membahagi segenting ini. Sungai Pasig berpunca dari Laguna de Bay, menanda sempadan di antara Makati dan Mandaluyong, dan juga di antara Pasig dan Taguig, sebelum melalui Manila sebelum berakhir di Teluk Manila.