Beberapa hari sebelum baginda mangkat, baginda telah menitahkan supaya puteri gahara baginda, Pengiran Anak Puteri Besar Hajah Noor Ehsani menjadi pengganti jika terjadi apa-apa kepada baginda. Satu persidangan telah diadakan sejurus selepas kemangkatan baginda, dan telah timbul pertanyaan mengenai waris baginda sebagai pengganti. Akhirnya, persidangan telah sebulat suara supaya adinda baginda, Pengiran Bendahara Pengiran Muda Omar Ali Saifuddien menjadi Sultan.

Ini disebabkan menurut Adat Istiadat Brunei, apabila seorang raja yang telah mangkat tiada mempunyai putera gahara, maka takhta kerajaan diserahkan kepada adinda raja tersebut ataupun Pengiran Bendahara. Tidak wujud di dalam Adat Istiadat Brunei membolehkan seorang puteri gahara menggantikan raja sebelumnya.