Nama Berlin tidak tentu asal-usulnya, dan barangkali berasal daripada imbuhan berl-/birl- ("paya") daripada bahasa Polabia lama.[11]

Peta Berlin (1688)

Bukti terawal keberadaan penempatan di kawasan pusat Berlin masa kini merupakan sebatang rasuk kayu yang bertarikh sekitar tahun 1192.[12] Catatan terawal mengenai bandar-bandar di kawasan Berlin bertarikh akhir abad ke-12. Penempatan Spandau paling awal disebut pada tahun 1197, dan Köpenick pula pada tahun 1209, tetapi kedua-dua tempat tersebut tidak bergabung dengan Berlin sehingga tahun 1920.[13] Kawasan pusat Berlin dipercayai berasal daripada dua bandar, iaitu Cölln di Fischerinsel yang pertama kali disebut dalam catatan tahun 1237, dan Berlin yang terletak di seberang sungai Spree di kawasan yang kini dipanggil Nikolaiviertel, dipetik daripada catatan bertarikh 1244.[12] Tahun 1237 dianggap sebagai "tarikh penubuhan" Berlin. Semenjak hari-hari terawalnya, kedua-dua bandar tersebut membentuk sebuah unit sosial dan ekonomi. Pada tahun 1307, kedua-dua bandar tersebut akhirnya bergabung. Lama-kelamaan, kedua-dua bandar bergabung ini kini dikenali sebagai sebuah kota bernama Berlin.

Pada tahun 1435, Frederick I menjadi pemilih kepada Margraviat Brandenburg yang diperintahnya sehingga tahun 1440.[14] Pewarisnya, iaitu Frederick II, mengasaskan Berlin sebagai ibu kota margraf, diikuti ahli-ahli kerabat Hohenzollern bersilih ganti sehingga tahun 1918 di Berlin, mula-mulanya selaku pemilih Brandenburg, kemudian raja Prusia, dan akhirnya maharaja Jerman. Pada tahun 1448, warga kota melancarkan pemberontakan “Kemarahan Berlin” terhadap pembinaan istana diraja baru oleh Frederick II, tetapi pemberontakan itu gagal, menyebabkan rakyat jelata banyak kehilangan kepentingan politik dan ekonomi. Pada tahun 1451, Berlin menjadi penempatan diraja para pemilih Brandenburg, maka Berlin terpaksa melepaskan tarafnya sebagai kota Liga Hansa yang bebas. Dalam tahun 1539, pemilih-pemilih dan bandar itu secara rasminya mengikuti aliran Lutheranisme.[15]

Abad ke-17 hingga ke-19

Frederick Agung ialah salah seorang raja berihsan di Eropah.

Perang 30 Tahun yang berlangsung dari tahun 1618 hingga 1648 mengakibatkan kota Berlin kemusnahan satu pertiga rumah-rumah dan kehilangan separuh penduduknya.[16] Frederick William yang dikenali sebagai “Pemilih Agung” dan yang baru menggantikan ayahandanya Georg Wilhelm selaku pemerintah pada tahun 1640, melaksanakan dasar memupuk penghijrahan masuk dan hubungan baik antara pelbagai golongan agama. Berikutan keluarnya Titah-Perintah Potsdam pada tahun 1685, Frederick William menawarkan perlindungan kepada kelompok Huguenot dari Perancis. Lebih 15,000 orang Huguenot berpindah ke Brandenburg, 6,000 daripadanya menetap di Berlin. Menjelang tahun 1700, kira-kira 20% penduduk Berlin berketurunan Perancis, lantas meninggalkan pengaruh kebudayaan yang mendalam di kota itu. Ramai lagi pendatang asing berasal dari Bohemia, Poland, dan kota Salzburg.

Berlin menjadi ibu kota Empayar Jerman pada tahun 1871 dan pesat meluas pada tahun-tahun berikutnya. (Unter den Linden dalam tahun 1900)

Setelah Frederick I dimahkotakan sebagai raja (di Königsberg) pada tahun 1701, Berlin menjadi ibu kota Kemaharajaan Prusia. Pada 1740, Frederick II, juga dikenali sebagai Frederick Agung (1740–1786) menaiki takhta pula untuk melaksanakan pemerintahan berteraskan falsafah yang menjadikan Berlin sebagai pusat Kesedaran. Berikutan kemenangan Perancis di Perang Campuran Keempat, Napoleon Bonaparte berangkat masuk ke Berlin pada tahun 1806, tetapi mengurniakan pemerintahan diri kepada kota ini. Pada tahun 1815, kota ini menjadi sebahagian Wilayah Brandenburg yang baru.

Revolusi Perindustrian mengubah wajah Berlin pada abad ke-19, apabila ekonomi dan penduduk bandar raya ini bertumbuh secara mendadak, lalu menjadi pusat ekonomi dan hab kereta api utama Jerman. Lambat laun munculnya kawasan subbandar baru yang meluaskan lagi kawasan dan kependudukan Berlin. Pada tahun 1861, kawasan pinggir bandar termasuk Wedding, Moabit, dan lain-lain lagi digabungkan dengan kota Berlin. Pada tahun 1871, Berlin menjadi ibu kota Empayar Jerman yang baru ditubuhkan. Pada 1 April 1881, kota Berlin menjadi daerah yang berasingan daripada wilayah Brandenburg.

Abad ke-20

Berlin dalam keadaan serba musnah selepas Perang Dunia II (Potsdamer Platz, 1945).

Pada penghujung Perang Dunia I pada tahun 1918, Republik Weimar diisytiharkan di Berlin. Pada tahun 1920, Akta Berlin Raya menyatukan berpuluh-puluh kawasan subbandar, desa, dan tanah-tanah di sekeliling Berlin menjadi sebuah kota raya yang memakan kebanyakan kawasan wilayah Brandenburg. Selepas peluasan itu, Berlin mempunyai lebih kurang empat juta penduduk.

Pada 30 Januari 1933 (Machtergreifung), telah berkuasanya Adolf Hitler dan Parti Nazi di Jerman. Pemerintahan Nazi menghapuskan masyarakat Yahudi di Berlin yang pernah mencecah angka 170,000 sebelum tahun 1933. Selepas peristiwa pogrom Kristallnacht pada tahun 1938, beribu-ribu orang Yahudi Jerman di Berlin dipenjarakan di kem tumpuan Sachsenhausen yang berdekatan, atau pada awal tahun 1943, dihantar ke kem maut seperti Auschwitz. Ketika zaman perang, kebanyakan kawasan Berlin diranapkan oleh serangan udara pada tahun 1943–45 dan Pertempuran Berlin di darat. Selepas tamatnya perang di Eropah pada tahun 1945, Berlin dimasuki ramai orang pelarian dari wilayah-wilayah Timur. Kuasa-kuasa yang memenangi perang membahagikan kota Berlin kepada empat pecahan, seiring dengan sistem kawasan pendudukan yang membahagikan negara Jerman. Pecahan Sekutu Barat (Amerika Syarikat, United Kingdom, dan Perancis) membentuk Berlin Barat, sementara pecahan Soviet membentuk Berlin Timur.[17]

Tembok Berlin pada tahun 1986, diconteng di sebelah baratnya. Sesiapa yang cuba melintas tembok ini boleh ditembak.

Keempat-empat kuasa tersebut berkongsi tanggungjawab untuk memastikan keselamatan Berlin. Bagaimanapun, perselisihan politik yang menjadi-jadi antara Sekutu Barat dan Kesatuan Soviet menyebabkan kuasa komunis yang mengawal wilayah di sekeliling Berlin, mengenakan Kepungan Berlin, iaitu pengepungan ekonomi Berlin Barat. Para sekutu barat berjaya mengatasi kepungan itu dengan mengangkut bekalan makanan dan lain-lain barangan melintasi Kepungan tersebut ke kota dari 24 Jun 1948 hingga 11 Mei 1949.[18] Pada tahun 1949, Republik Persekutuan Jerman diasaskan di Jerman Barat, merangkumi seluruh kawasan penguasaan Amerika, British dan Perancis, kecuali zon ketiga-tiga kuasa tersebut di kota Berlin, sementara Republik Demokratik Jerman yang berideologi Marxisme-Leninisme diisytiharkan di Jerman Timur. Berlin Barat kekal sebagai kota bebas yang terpisah daripada Republik Persekutuan Jerman, di samping mengeluarkan setem pos tersendiri. Penerbangan ke Berlin Barat hanya dibenarkan kepada syarikat Amerika, British dan Perancis.

Pengasasan dua buah negeri Jerman memburukkan lagi perbalahan Perang Dingin. Berlin Barat dikelilingi oleh wilayah penguasaan Jerman Timur yang mengisytiharkan Berlin Timur (yang hanya dipanggilnya "Berlin") sebagai ibu negara tanpa pengiktirafan kuasa-kuasa Barat. Walaupun hanya diliputi separuh keluasan dan penduduk, Berlin Barat tetap melingkungi pusat bersejarah kota tersebut. Kerajaan Jerman Barat pula menubuhkan pusat pentadbiran sementara di Bonn.[19]

Pertelingkahan antara timur dan barat membawa kepada pembinaan Tembok Berlin antara Berlin Timur dan Barat dan halangan-halangan lain di sekitar Berlin Barat oleh pihak Jerman Timur pada 13 Ogos 1961 diburukkan lagi oleh perselisihan berkereta kebal di Checkpoint Charlie pada 27 Oktober 1961. Berlin Barat menjadi sebahagian Jerman Barat secara de facto dengan taraf sah yang tersendiri, sementara Berlin Timur menjadi sebahagian Jerman Timur.

Tumbangnya Tembok Berlin pada tahun 1989.

Akibatnya, Berlin dibelah dua sepenuhnya. Penduduk Barat boleh melintasi sempadan antara kedua-dua bahagian Berlin hanya melalui tempat pemeriksaan yang dikawal ketat. Malangnya, penduduk Timur pula langsung tidak boleh memasuki Berlin Barat mahupun Jerman Barat. Pada tahun 1971, satu perjanjian empat kuasa menjamin capaian antara Jerman Timur ke Berlin Barat, sekaligus menyelesaikan masalah kemungkinan pencerobohan dan penutupan laluan-laluan.[20]

Pada 9 November 1989, tekanan daripada para penduduk Jerman Timur akhirnya memecahkan Tembok Berlin sehingga berkecai. Kini, sedikit sahaja sisa tinggalan tembok tersebut. East Side Gallery di Friedrichshain berhampiran jambatan Oberbaumbrücke di atas Sungai Spree menyimpan secebis tembok ini. Sistem ekonomi pasaran dan demokrasi akirnya mencapai Jerman Timur dan Berlin Timur.

Pada 3 Oktober 1990, kedua-dua pecahan Jerman disatukan semula menjadi Republik Persekutuan Jerman, sementara Berlin menjadi ibu negara Jerman mengikut perjanjian penyatuan semula. Pada Jun 1991, Parlimen Jerman iaitu Bundestag mengundi agar ibu negara Jerman (Barat) dipindahkan dari Bonn kembali ke Berlin. Pada tahun 1999, parlimen dan kerajaan Jerman mula bertugas di Berlin.