Jepun memiliki lebih daripada 3.000 pulau yang terletak di pesisir Lautan Pasifik di timur benua Asia. Istilah Kepulauan Jepun merujuk kepada empat pulau besar, dari utara ke selatan, Hokkaido, Honshu, Shikoku, dan Kyushu, serta Kepulauan Ryukyu yang berada di selatan Kyushu.Sekitar 70% hingga 80% daripada wilayah Jepun terdiri daripada kawasan pergunungan yang berhutan-hutan,[60][61] oleh itu sesuai untuk kegiatan pertanian, industri, serta penempatan kediaman. Daerah yang curam berbahaya untuk dihuni kerana risiko tanah runtuh akibat gempa bumi, keadaan tanah yang tidak kukuh, dan hujan lebat. Oleh sebab itu, kebanyakan kawasan penempatan tertumpu pada kawasan pesisir pantai. Jepun ialah salah sebuah negara yang terpadat penduduknya di dunia.[62]

Jepun sering mengalami gempa bumi yang lemah atau sederhana dan adakalanya letusan gunung berapi sering kerana terletak di atas Lingkaran Api Pasifik di pertemuan tiga plat tektonik. Gempa bumi yang kuat pula boleh menyebabkan tsunami. Setiap abad, di Jepun terjadinya beberapa kali tsunami.[63] Kejadian gempa bumi terbesar yang terjadi sehingga kini di Jepun berlaku di perlautan pantai timur berdekatan Sendai yang menyebabkan tsunami pada tahun 2011. Keadaan geografi menyebabkan Jepun memiliki banyak sumber mata air panas, dan sebahagian besarnya telah dibangunkan sebagai kawasan pelancongan.[64]

Jepun berada di kawasan beriklim sederhana dengan bermusim empat. Walaupun demikian, terdapat perbezaan iklim yang ketara di antara bahagian utara dan bahagian selatan Jepun.[65] Pada musim dingin, kawasan utara Jepun seperti Hokkaido dihujani salji, manakala di selatan pula beriklim subtropika. Iklimnya juga dipengaruhi tiupan angin bermusim yang bertiup dari benua Asia ke Lautan Pasifik pada musim dingin, dan sebaliknya pada musim panas.

Iklim Jepun terbagi atas enam zon iklim:

• Hokkaido: Kawasan paling utara beriklim sedang dengan musim dingin yang panjang dan membekukan, serta musim panas yang sejuk. Kerpasannya tidak besar, namun salji banyak turun ketika musim dingin.
• Laut Jepun: Di pantai barat Pulau Honshu, tiupan angin dari barat laut membawa salji yang sangat lebat. Pada musim panas, kawasan ini lebih sejuk dibandingkan kawasan Pasifik. Walaupun demikian, suhu di kawasan ini adakalanya dapat menjadi sangat tinggi akibat fenomena angin fohn.
• Tanah Tinggi Pusat: Wilayah ini beriklim pedalaman dengan perbezaan suhu purata antara musim panas dan musim dingin yang amat ketara. Perbezaan suhu antara waktu malam dan siang juga agak ketara.
• Laut Pedalaman Seto: Barisan pegunungan di kawasan Chugoku dan Shikoku menghalangi jalur tiupan angin musim, sehingga kawasan ini sepanjang tahun beriklim sedang.
• Lautan Pasifik: Kawasan pesisiran pantai timur Jepun mengalami musim dingin yang sangat dingin, namun tidak banyak turun salji. Sebaliknya, musim panas menjadi begitu lembap akibat tiupan angin musim dari tenggara.
• Kepulauan Ryukyu: Kepulauan di barat daya Jepun termasuk Kepulauan Ryukyu beriklim subtropika, panas sewaktu musim dingin dan suhu yang tinggi sepanjang musim panas. Kerpasan sangat tinggi, terutama selama musim hujan, di samping sering mengalami ribut taufan.

Suhu tertinggi yang pernah tercatat di Jepun ialah 40.9 °C (105.6 °F) pada 16 Ogos 2007.[66]

Musim hujan bermula lebih awal di Okinawa, lebih kurang mulai awal bulan Mei. Garis depan musim hujan bergerak ke utara, sehingga hampir mencapai Hokkaido. Di sebahagian besar wilayah Honshu, musim hujan bermula pada tengah bulan Jun selama enam minggu. Taufan sering terjadi sepanjang bulan September dan Oktober, disebabkan tekanan tropika di khatulistiwa yang bergerak dari barat daya ke timur laut, oleh itu sering membawa hujan yang sangat lebat.[65]