São Paulo merupakan pusat kesihatan terbesar di Amerika Latin. Antara hospital-hospital terunggulnya termasuk Hospital Ibrani Albert Einstein dan Hospital das Clínicas yang terbesar di rantau ini. Dari segi kemudahan kesihatan awam, São Paulo menempatkan institusi-institusi perubatan awam dari ketiga-tiga peringkat kerajaan persekutuan, negeri dan perbandaran. Sektor perubatan swastanya juga amat besar. Kebanyakan hospital terunggul di Brazil terletak di bandar raya ini. Pada September 2009, bandaraya São Paulo mempunyai:[68]

• 32,553 pusat perubatan, klinik bergerak, dan pejabat pakar (pakar perubatan, doktor gigi dll);
• 217 hospital dengan 32,554 katil;
• 137,745 pakar kesihatan, termasuk 28,316 pakar perubatan .

Kesihatan perbandaran

Kemudahan kesihatan awam yang dikendali oleh kerajaan bandaraya dibina di merata kota, dengan sejumlah besar 770 unit penjagaan kesihatan asas (UBS), klinik bergerak dan kecemasan, dan 17 hospital. Setiausaha Kesihatan Perbandaran mempunyai 59,000 pekerja, termasuk 8,000 pakar perubatan dan 12,000 jururawat. Seramai 6,000,000 warga kota mendapat khidmat kemudahan perubatan awam yang menyediakan ubat-ubatan secara percuma serta mengendali program kesihatan keluarga yang menyeluruh (PSF - Programa de Saúde da Família).

Rede São Paulo Saudável (“Rangkaian São Paulo Sihat”) ialah sebuah saluran korporat TV digital satelit yang dimajukan oleh Setiausaha Kesihatan Perbandaran São Paulo, dengan tujuan membawakan rancangan memupuk gaya hidup sihat dan pendidikan kesihatan yang boleh ditonton oleh warga kota yang menerima rawatan kesihatan di unit-unitnya di bandaraya ini. Rangkaian ini terdiri daripada dua studio TV yang lengkap, dan sebuah sistem pemancaran video digital tertutup dalam bentuk definisi tinggi menerusi satelit, dengan sekitar 1,400 tempat penerimaan di semua unit penjagaan kesihatan dalam perbandaran São Paulo.