Sejumlah empat belas pasukan akan bertanding, termasuk sebelas pasukan dari musim 2011 dan dua pasukan dari Liga Perdana Malaysia 2011. Singapore LIONSXII dari Singapura juga akan turut serta pada musim 2012, menggantikan Harimau Muda A.

Perlis FA dan Pahang FA telah diturunkan ke Liga Perdana Malaysia 2012 di penghujung musim 2011 selepas menamatkan musim di dua tempat terbawah liga.

Juara Liga Perdana Malaysia 2011, PKNS FC dan Naib Juara, Sarawak FA naik ke Liga Super Malaysia 2012.

Berikutan perjanjian antara Persatuan Bola Sepak Singapura dan Persatuan Bola Sepak Malaysia, Singa Muda, dengan kebanyakan pemain dalam pasukan tersebut adalah pemain-pemain dari pasukan bawah 23 tahun kebangsaan Singapura, akan menggantikan Harimau Muda A, yang mewakili pasukan bola sepak bawah-23 kebangsaan Malaysia. Sementara Singa Muda akan bertanding di Liga Super Malaysia, Harimau Muda A akan mengambil tempat Singa Muda dalam S. League.[1][2] Singa Muda kemudiannya diganti oleh pasukan baru, bernama Singapore LIONSXII yang akan menggantikan pasukan bawah-23 kebangsaan.[3]

• Felda United FC
• Johor FC
• Kedah FA
• Kelantan FA (Juara Liga Super Malaysia 2011)
• Kuala Lumpur FA
• Negeri Sembilan FA
• Perak FA
• PKNS FC¹
• Sabah FA
• Sarawak FA¹
• Selangor FA
• Singapore LIONSXII*
• T-Team
• Terengganu FA

* - Singapore LIONSXII (Asalnya yang menyertai adalah Singa Muda dari Singapura dan akan menggantikan Harimau Muda A dimana Harimau Muda A akan menggantikan Singa Muda dalam S. League.)

¹ - dari Liga Perdana Malaysia 2011

Stadium

Personnel dan kit