Sejarah Johor

Prasejarah

Terdapat satu tapak prasejarah Neolitik di Johor yang telah dikenalpasti terlebih dahulu ( iaitu sebelum perang dunia kedua oleh pengkaji tempatan dan Inggeris ) sebagai Tanjung Bunga. Tapak tersebut terletak di salah sebuah anak sungai yang mengalir ke Selat Johor dan bertentangan dengan muara Sungai Berih di Pulau Singapura. Tapak prasejarah di pesisir perairan Johor ini tidak sengaja di mana alat-alat batu ini ditemui di atas permukaan tanah di tapak tersebut oleh Engku Abdul Aziz dan selepas penemuan awal itu, ianya diikuti dengan lawatan H.D. Collings ke kawasan tersebut. Tapak itu kemudian dikaji secara atur oleh Collings pada tahun 1938.

Loceng gangsa yang dianggarkan dari 150 A.D telah dijumpai di Kampong Sungai Penchu ​​berhampiran Sungai Muar. Loceng ini dipercayai telah digunakan sebagai objek upacara dan bukan objek perdagangan sebagai loceng yang sama sebagaimana juga dengan dekorasi yang sama ditemukan di Wilayah Battambang, Kemboja, yang menunjukkan bahawa pantai Melayu berhubung dengan Funan, dengan loceng menjadi hadiah dari kerajaan awal di tanah besar Asia kepada ketua tempatan di Semenanjung Tanah Melayu. Loceng ini dihasilkan dalam anggaran sekitar tahun 150 Masihi seiring dengan perkembangan kerajaan Funan.

Kota Gelanggi yang masih hangat diperdebatkan dari sudut lokasi kedudukannya

Satu lagi penemuan arkeologi yang penting adalah bandar lama yang hilang di Kota Gelanggi, yang ditemui dengan jejak berikut yang diterangkan dalam manuskrip Melayu lama yang dimiliki oleh Stamford Raffles. Artifak yang berkumpul di kawasan tersebut telah memperkuat tuntutan penyelesaian manusia awal di negeri ini. Dakwaan Kota Gelanggi sebagai penyelesaian pertama dipertikaikan oleh kerajaan negeri Johor, dengan bukti lain daripada kajian arkeologi yang dijalankan oleh yayasan warisan negara sejak tahun 1996 yang menyatakan bahawa bandar bersejarah itu sebenarnya terletak di Daerah Kota Tinggi di mana-mana Kota Klang Kio atau Ganggayu. Lokasi sebenar bandar kuno masih belum didedahkan, tetapi dikatakan berada di dalam hutan simpan 14,000 hektar (34,595 ekar) di mana Sungai Lenggiu dan Madek terletak, berdasarkan rekod-rekod dalam Sejarah Melayu yang, setelah menakluk Gangga Negara , Raja Suran dari Siam Kerajaan Nakhon Si Thammarat (Ligor Kingdom) telah berlayar ke Ganggayu. Semenjak zaman purba, sebahagian besar Semenanjung Melayu pesisir mempunyai penguasa mereka sendiri, tetapi semuanya berada di bawah bidang kuasa Siam.

Kesultanan Melayu Johor

Felda Sungai Sayong terletak berhampiran dengan Sungai Sayong , ibu kota kesultanan Johor sekitar 1535 - 1540 M

Selepas kejatuhan Melaka pada tahun 1511 kepada Portugis, Kesultnan Johor, berdasarkan keturunan Kesultanan Melayu Melaka yang diasaskan oleh putera Sultan Mahmud, Ala'udin Ri'ayat Shah II, pada tahun 1528 ketika dia memindahkan pusat pemerintahan ke Sungai Johor dan mendirikan kediaman dirajanya di Johor Lama (kini terletak di bawah daerah Kota Tinggi). Johor menjadi sebuah empayar yang merangkumi Semenanjung Tanah Melayu selatan, Kepulauan Riau (termasuk Singapura), Kepulauan Anambas, Kepulauan Tambelan, Kepulauan Natuna, sebuah wilayah di sekitar Sungai Sambas di barat daya Borneo (kini di Kalimatan Barat) dan Siak di Sumatera serta dengan sekutunya Pahang, Aru dan Champa. Mereka bercita-cita untuk mengambil semula Melaka dari Portugis. Kesultanan Aceh di Sumatera Utara memiliki cita-cita yang sama yang menyebabkan perang tiga segi di antara para pesaing. Semasa peperangan, modal pentadbiran Johor bergerak beberapa kali berdasarkan strategi ketenteraan dan mengekalkan kuasa ke atas perdagangan di rantau ini. Johor dan Portugis mula bekerjasama menentang Aceh yang mereka anggap sebagai musuh bersama. Pada tahun 1582 Portugis membantu Johor membalas serangan oleh Aceh, tetapi kekuatannya berakhir ketika Johor menyerang Portugis pada tahun 1587. Aceh meneruskan serangannya terhadap Portugis, dan kemudian Johor Lama dimusnahkan ketika sebuah armada besar dari pelabuhan Portugis di Goa datang untuk mempertahankan Melaka dan memusnahkan kesultanan di situ.

Johor Lama

Selepas Aceh dibiarkan lemah, Syarikat Hindia Timur Belanda (VOC) tiba dan Johor membentuk ikatan dengan mereka untuk menghapuskan Portugis dalam penaklukan kedua Melaka pada tahun 1641. Johor kembali berkuasa namun di Sumatera, seperti Siak (1662) dan Inderagiri (1669) telah jatuh ke Aceh sementara Melaka diambil oleh Belanda. Melaka diletakkan di bawah kawalan secara langsung oleh Batavia di Jawa. Walaupun Melaka berada di bawah kuasa Belanda, Belanda tidak menubuhkan jawatan perdagangan lagi di Semenanjung Tanah Melayu dan Sumatera, kerana mereka kurang minat daripada apa yang mereka miliki di Jawa dan Kepulauan Maluku. Hanya apabila Bugis mula mengancam perdagangan maritim Belanda, mereka terlibat dalam pertikaian tempatan.

Makam Sultan Mahmud Mangkat Dijulang, sultan terakhir dinasti keturunan Sultan MelakaMakam Bendahara Tun Habib

Dinasti keturunan Melaka berlangsung hingga kematian Sultan Mahmud Mangkat Dijulang, berdirinya Dinasti Bendahara yang diperintah oleh Sultan Abdul Jalil Riayat Shah daripada keturunan Bendahara Tun Habib, yang mempunyai talian darah dengan ahli bait Nabi Muhammad S.A.W. Dinasti menteri sebelumnya ini pernah berkhidmat di Kesultanan Melayu Melaka. Belanda berasa semakin terancam pada abad ke-18, terutamanya ketika Syarikat Hindia Timur Inggeris mula muncul di Semenanjung Tanah Melayu, Belanda merebut wilayah Bugis di Riau dan mengusir Bugis dari Riau dan Selangor menjadikan kawasan tidak lagi berada di bawah pemerintahan British. Ini mengakhiri penguasaan politik Bugis di kerajaan Johor-Pahang-Riau mengakibatkan Bugis diharamkan dari Riau pada tahun 1784. Semasa persaingan antara Bugis dan Belanda, Sultan Mahmud Shah III menyimpulkan bahawa perjanjian perlindungan dengan VOC di atas kapal HNLMS Utrecht dan Sultan dibenarkan tinggal di Riau dengan perlindungan Belanda. Sejak itu, ketidakpercayaan antara Bugis dan Melayu meningkat. Dari 1796 hingga 1801 dan dari 1807 hingga 1818, Melaka ditempatkan di bawah Residensi British sebagaimana Belanda ditakluki oleh Perancis dalam Perang Napoleon, tetapi ia dikembalikan semula kepada Belanda pada tahun 1818. Melaka dijadikan sebagai kawasan pendaratan iaitu tanda kemenangan British pada tahun 1811 .

Johor mempunyai tiga dinasti kesultanan yang bermula pada tahun 1511 selepas kejatuhan Melaka. Pada fasa pertama, Johor diperintah oleh keturunan kesultanan Melayu Melaka yang dinisbahkan kepada Sultan Mahmud Shah. Sultan Mahmud mempunyai dua orang puteranya yang kemudian menjadi Sultan iaitu Alauddin Riayat Shah yang mengasaskan kesultanan Melayu Johor dan Mudzaffar Shah pula mengasaskan kesultanan Melayu Perak. Pusat pemerintahan kesultanan Johor yang ditadbir oleh keturunan Sultan Melaka ini terletak pada mulanya di Pekan Tua atau Pasir Raja - Kampung Sungai Telor sekarang -. Selepas itu, beralih pula ke Kota Kara (1529) - kini terletak di Pulau Bintan, Provinsi Kepulauan Riau, Indonesia. Kota Kara hanya kawasan kubu pertahanan sementara yang dibina dalam keadaan situasi peperangan. Pada tahun 1535, ibu kota pemerintahan beralih ke Kota Sayong. Portugis telah menyerang kota Sayong pada tahun berikutnya dan termeterainya perjanjian damai antara kedua-dua pihak.

Pada tahun 1540, Sultan Alauddin memindahkan pusat pemerintahannya ke Kota Batu yang terletak berhampiran dengan Teluk Sengat dan Sungai Johor. Dengan terbinanya kota ini, kerajaan Johor menjadi sebuah negeri yang kuat sehingga berjaya mematahkan serangan Aceh beberapa kali. Kota ini juga menjadi pusat perdagangan penting dan mencapai zaman kegemilangannya pada semasa pemerintahan Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II (1547-1587) sehinggakan pelabuhan Melaka yang dikuasai oleh Portugis ketika itu terjejas. Hal ini menjadi asbab kota ini diserang dan dimusnahkan oleh Portugis. Pada tahun 1564, pusat pemerintahan beralih ke Kota Seluyut. Istana sultan dibina di atas Bukit Seluyut yang tingginya kira-kira 204 kaki dengan tujuan supaya mudah mengawasi pergerakan kapal di Sungai Johor. Pusat pemerintahan hanya bertahan selama tujuh tahun sahaja kerana Sultan Ali Jalla telah pindahkannya ke Tanah Putih.

Pada tahun 1587, angkatan Portugis yang diketuai Antonio de Noronha ke Johor membedil Kota Johor Lama dan merampas harta. Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II berundur ke Batu Sawar pada tahun 1587. Pada tahun 1589, Batu Sawar diserang dan Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II melarikan diri. Apabila Portugis balik ke Melaka, Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II datang semula ke Batu Sawar memulihkan kekuatan.  Pada tahun 1597, Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II mangkat di Batu Sawar dan disebut "Marhum Batu Sawar". Pada tahun 1613, Sultan Acheh, Sultan Iskandar Muda Mahkota Alam telah menyerang Batu Sawar, Johor. Serangan ini telah dilakukan kerana kerajaan Acheh tidak menyetujui persahabatan Johor dengan Portugis . Angkatan Perang Acheh yang menyerang Batu Sawar dan telah berperang selama 29 hari sebelum berjaya menawannya. Sultan Alauddin Riayat Shah III bersama-sama adinda baginda, Raja Abdullah serta Bendahara Tun Seri Lanang telah ditawan dan dibawa ke negeri Acheh. Setelah hampir satu tahun di Acheh, baginda telah dilepaskan balik ke negeri Johor setelah berjanji dengan Sultan Acheh akan membantu Acheh di dalam peperangan melawan orang-orang Belanda. Dalam bulan November 1615, Sultan Iskandar Muda telah menghantar satu angkatan perang yang besar dan menyerang sekali lagi negeri Johor. Bandar Batu Sawar telah dimusnahkan. Sultan Alauddin telah dapat ditawan oleh askar-askar Aceh dan di bawa balik ke Acheh lalu dihukum bunuh.

Kota Touhid pernah menjadi pusat pemerintahan kerajaan Johor sebanyak dua kali iaitu  semasa pemerintahan Sultan Abdul Jalil Shah III (1623-1677) dan Sultan Abdul Jalil Riayat  Syah IV (1699-1718) - dinasti Bendahara. Sultan Abdul Jalil Syah III ialah sultan yang bertanggungjawab membuka Kota Touhid pada tahun 1623 dan memerintah di situ dari tahun 1623 hingga 1677. Namun begitu kota ini dipindahkan ke Pasir Raja kerana kawasan ini diserang penyakit. Kota ini dijadikan pusat pemerintahan kali kedua oleh Sultan Abdul Jalil Riayat Shah IV tapi ditinggalkan juga dan berpindah ke Panchor. Sebelum kesultanan Johor beralih ke dinasti Bendahara, ibu kota kesultanan Johor beralih ke Kota Tinggi pada tahun 1685 ketika pemerintahan Sultan Mahmud Shah II. Baginda ditabalkan ketika berusia 10 tahun tetapi urusan pentadbiran dijalankan oleh Bendahara iaitu Tun Habib Abdul Majid. Johor Lama dijadikan istana hinggap dan Temenggung pula menjaga kota Johor Lama. Pada tahun 1699, Sultan Mahmud Shah II mangkat dalam usia 24 tahun, dipercayai ditikam oleh Laksamana Bentan dan disebut sebagai "Marhum Mangkat Di Julang" atau "Marhum Kota Tinggi".

Dinasti kesultanan Johor beralih kepada Bendahara iaitu anakanda kepada Tun Habib Abdul Majid, Sultan Abdul Jalil IV berpusat di Panchor. Sultan Abdul Jalil IV mempunyai istana di Makam Tauhid dan Johor Lama. Kota Johor Lama dibaiki dan digelar "Kota Lama". Pada 21 Mac 1718, Raja Kecil menawan Panchor. Raja Kecil dikatakan putera kepada Sultan Mahmud Mangkat Dijulang. Raja Kecil melantik sendiri dirinya sebagai Yang Dipertuan Johor bergelar Sultan Abdul Jalil Rahmat Shah, pun begitu masih membenarkan Sultan Abdul Jalil IV menetap di Johor tetapi tiada kuasa memerintah dan diberi jawatan Bendahara. Namun, Sultan Abdul Jalil IV cuba untuk merampas kuasa semula namun gagal dan lari ke Kuala Pahang. Akhirnya ada kerjasama antara Raja Sulaiman dan Tun Abas iaitu anak kepada Sultan Abdul Jalil IV dengan Bugis Lima Bersaudara dan berjaya menghalau Raja Kecil balik ke Siak pada tahun 1723.

Bermulanya Era Kesultanan Melayu Johor Dinasti Temenggung

Selepas kemangkatan Sultan Mahmud Shah III, Sultan meninggalkan dua puteranya. Sementara anak sulungnya Hussein Shah disokong oleh masyarakat Melayu, manakala Abdul Rahman Muazzam Shah disokong oleh masyarakat Bugis. Pada tahun 1818, Belanda mengiktiraf Abdul Rahman Muazzam Shah sebagai pewaris sah kepada Empayar Johor sebagai balasannya kerana menyokong hasrat mereka untuk menubuhkan pusat perdagangan di Riau. Pada tahun berikutnya, British mengiktiraf Hussein Shah sebagai pewaris sah kepada Empayar Johor sebagai balasannya kerana menyokong hasrat mereka untuk menubuhkan pusat perdagangan di Singapura. Sebelum kematiannya, Sultan Mahmud Shah III telah melantik Abdul Rahman sebagai Temenggong Johor melalui pengiktirafan British sebagai Temenggong yang sah dari Johor-Singapura, menandakan permulaan Dinasti Temenggong. Abdul Rahman digantikan oleh anaknya, Temenggung Daeng Ibrahim, walaupun pengiktirafannya oleh British hanya berlaku 14 tahun kemudian.

Temenggung Daeng Ibrahim memainkan peranan penting dalam membuka kawasan baharu iaitu Tanjung Puteri (kini Johor Bahru)

Pada tahun 1855, di bawah perjanjian di antara British di Singapura dan Sultan Ali dari Johor, kuasa memerintah Johor diserahkan kepada Raja Temenggung Tun Daeng Ibrahim. Melalui perjanjian itu, Ali telah ditabalkan sebagai sultan dan menerima $ 5,000 (dalam ringgit Sepanyol) dan elaun $ 500 sebulan tetapi dikehendaki menyerahkan kedaulatan wilayah Johor (kecuali Kesang dari Muar, yang akan menjadi satu-satunya wilayah di bawah kawalannya) kepada Daeng Ibrahim. Temenggung Daeng Ibrahim membuka Bandar Tanjung Puteri di selatan Johor dan menjadikannya sebagai sebuah bandar utama. Dengan penubuhan modal baru di tanah besar Johor, pusat pentadbiran telah dipindahkan dari Telok Blangah di Singapura ke Tanjung Puteri. Memandangkan kawasan itu masih merupakan hutan yang belum dimajukan, Temenggong Daeng Ibrahim menggalakkan penghijrahan orang Cina dan Jawa untuk membersihkan tanah dan membangunkan ekonomi pertanian di Johor. Semasa pemerintahannya, Johor mula dimodenkan dan hal ini diteruskan oleh anaknya, Sultan Abu Bakar.

Johor Bahru sekitar tahun 1920-an

Pada tahun 1885, Perjanjian Anglo-Johor ditandatangani bahawa hubungan formal antara keduanya, dengan hak-hak transit British diberikan untuk perdagangan melalui wilayah kesultanan dan tanggungjawab untuk hubungan luar negara, serta memberi perlindungan kepada yang terakhir. Perjanjian itu juga memperuntukkan pelantikan ejen British dalam peranan penasihat, walaupun tiada penasihat dilantik sehingga tahun 1910. Sultan Abu Bakar juga melaksanakan perlembagaan yang dikenali sebagai Undang-undang Tubuh Kerajaan Johor (Perlembagaan Negeri Johor) dan menganjurkan pentadbirannya dalam gaya British. Dengan mengguna pakai dasar pemodenan gaya bahasa Inggeris, Johor secara sementara menghalang diri daripada dikawal secara langsung oleh pihak British, seperti yang berlaku kepada negara-negara Melayu yang lain. Sultan Abu Bakar digelar sebagai "Bapa Johor Moden". Baginda ditauliahkan gelaran terhormat "Maharaja" Johor oleh yang Diraja Britian. Baginda juga telah melawat negara-negara beraja lain seperti Turki Uthmaniah, Itali, Jepun, Mesir dan Rusia.

Di bawah pemerintahan Sultan Ibrahim ibni Sultan Abu Bakar, British melantik Douglas Graham Campbell sebagai penasihat kepada kesultanan pada tahun 1910, walaupun Sultan hanya melantik Campbell sebagai Penasihat Am tidak seperti di negeri-negeri Melayu yang lain mempunyai Penasihat Residen, sekaligus menjadikan Johor sebagai negeri Melayu terakhir untuk menerima Penasihat British. Walau bagaimanapun, disebabkan oleh perbelanjaan, kesultanan menghadapi masalah yang disebabkan oleh kejatuhan harga utama hasil dan masalahnya antara beliau dan ahli dewan negerinya, yang memberi peluang kepada British untuk campur tangan dalam urusan dalaman Johor. Walau bagaimanapun keengganan baginda untuk melantik seorang penasihat British, Johor diletak di bawah kawalan British sebagai salah sebuah Negeri-Negeri Melayu Tidak Bersekutu pada tahun 1914, dengan kedudukan Penasihat Amnya ditinggikan kepada Residen di Negeri-negeri Melayu Bersekutu.

Perang Dunia Kedua

Dua anggota Australia ke-8 menembak kereta kebal Jepun Type 95 Ha-Gō di Jalan Muar-Parit Sulong semasa Pertempuran Muar, 18 Januari 1942

Sejak tahun 1910-an, petani Jepun telah terlibat dalam pelbagai aktiviti perladangan dan perlombongan sumber mineral di Johor akibat Perikatan Anglo-Jepun. Selepas Perang Dunia Pertama, penanaman getah di Tanah Melayu sebahagian besarnya dikawal oleh syarikat-syarikat Jepun. Berikutan penghapusan Akta Getah Tanah (Enakmen) pada 1919, Syarikat Gomu Nanyo (South Seas Rubber Co. Ltd.) mula mengusahakan getah di kawasan pedalaman Johor. Pada tahun 1920-an, Sultan Ibrahim telah menjadi sahabat peribadi Tokugawa Yoshichika, sebuah klan Tokugawa yang nenek moyangnya adalah ketua tentera (shōgun dalam bahasa Jepun) yang memerintah Jepun dari abad ke-16 hingga abad ke-19. Dalam Perang Dunia Kedua, dengan kos yang besar untuk kehidupan ketika Pertempuran Muar di Johor sebagai sebahagian daripada Kempen Malaya. Tentera Imperial Jepun (IJA) berjalan dengan infantri dan basikal mereka ke Daerah Muar (sekarang ini Daerah Tangkak) pada 14 Januari 1942. Semasa ketibaan tentera Jepun, Tokugawa mengiringi tentera Jeneral Tomoyuki Yamashita dan diterima dengan baik oleh Sultan Ibrahim ketika mereka sampai di Johor Bahru pada akhir Januari 1942. Yamashita dan pegawai-pegawainya ditempatkan di kediaman Sultan, Istana Bukit Serene dan bangunan setiausaha negeri serta Bangunan Sultan Ibrahim untuk merancang serangan ke atas Singapura. Beberapa pegawai Jepun bimbang kerana lokasi istana menjadikan mereka terdedah kepada serangan British, tetapi Yamashita yakin bahawa British tidak akan menyerang kerana Sultan Ibrahim juga seorang kawan kepada British yang terbukti betul.

Pada 8 Februari, Jepun mula menyerbu arah pantai barat laut Singapura, yang diikuti oleh persimpangan IJA ke-5 dan ke-18 dengan sekitar 13,000 tentera melalui Selat Johor. Keesokan harinya, Bahagian Pengawal Imperial menyeberang ke Kranji manakala pasukan pengawal Jepun yang tersisa menyeberang melalui Tambak Johor-Singapura yang telah diperbaiki. Berikutan pendudukan seluruh Tanah Melayu dan Singapura oleh tentera Jepun, Tokugawa mencadangkan rancangan pembaharuan yang mana lima negeri Johor, Terengganu, Kelantan, Kedah-Pulau Pinang dan Perlis akan dipulihkan dan bersatu. Di bawah perancangan itu, Johor akan menguasai Perak, Selangor, Negeri Sembilan dan Melaka manakala seluas 800 batu persegi di bahagian selatan Johor akan dimasukkan ke Singapura untuk tujuan pertahanan. Empat raja kerajaan akan diwajibkan untuk menunjukkan kesetiaan kepada Jepun dengan perlu mengunjungi keluarga diraja Jepun setiap dua tahun serta menjamin kebebasan beragama, ibadah, pekerjaan dan kepemilikan harta milik peribadi kepada semua orang dan memberikan setiap orang Jepun yang tinggal di kawasan-kawasan tersebut dengan layanan yang sama dengan orang-orang asli.

Tentera Jepun melintasi jambatan Labis yang telah dimusnahkan untuk melemahkan penguasaan British

Sementara itu, Ōtani Kōzui dari Nishi Hongan-ji sub-sect daripada Jōdo Shinshū Buddhisme mencadangkan bahawa sistem kesultanan harus dihapuskan dan Jepun harus memerintah kerajaan-kerajaan Melayu di bawah kerajaan monarki konstitusi Jepun.] Namun, Menteri Perang Jepun, Hideki Tōjō telah mengingatkan kakitangan kerajaan mereka di Tanah Melayu supaya tidak bertindak terburu-buru daripada sultan dan memberikan penghormatan sehingga sultan akan bekerjasama dengan gunsei (organisasi tentera Jepun). Pada bulan Mei, ramai pegawai tinggi Jepun yang kembali ke Tokyo untuk berunding dengan pegawai-pegawai Kementerian Perang dan Kakitangan Am tentang bagaimana membuat urusan dengan Sultan. Apabila mereka kembali ke Singapura pada bulan Julai, mereka menerbitkan satu dokumen yang dipanggil "Dasar untuk Layanan Terhadap Sultan", yang merupakan permintaan kepada Sultan agar menyerahkan kuasanya kepada rakyatnya dan diserahkan kepada maharaja Jepun melalui komander IJA. Pertubuhan tentera menuntut Sultan menyerahkan kuasanya dengan cara yang mengingatkan cara shogun Tokugawa menyerahkan kuasa mereka kepada kaisar Jepun pada tahun 1868. Jepun juga menubuhkan Penempatan Endau (juga dikenali sebagai Ladang Model Baru Syonan) di Endau untuk peneroka Cina untuk meringankan masalah bekalan makanan di Singapura walaupun banyak pembunuhan orang awam Cina dan Melayu yang berlaku di Johor sejak peringkat awal pentadbiran Jepun.

Pasca Perang dan Kemerdekaan

Dato' Onn bin Jaafar Menteri Besar Johor merangkap Presiden UMNO, membuka surat perjanjian antara Negeri dan Persekutuan Tanah Melayu dengan Dr. W. Linehan, C.M.G, penasihat Hal Ehwal Perlembagaan untuk ditandatangani oleh DYMM Sultan Johor ketika itu

Pada permulaan perang, British menerima tawaran Parti Komunis Malaya (CPM) untuk bekerjasama untuk melawan orang Jepun. Bagi untuk melakukan ini, CPM membentuk Tentera Anti-Jepun Orang Melayu (MPAJA). Penyokong CPM kebanyakannya ahli yang berpendidikan Cina yang diskriminasi oleh elit yang berpendidikan dalam kalangan Inggeris dan Baba Nyonya semasa pemerintahan British yang tujuan utamanya adalah untuk menubuhkan negara komunis sama seperti kemenangan Parti Komunis China ( CPC) dalam Revolusi Komunis China. Parti itu juga mempunyai wakil Melayu dan India. Mereka menganjurkan keganasan sebagai kaedah untuk mencapai visi mereka. Sepanjang perang mereka melawan Jepun, mereka menggunakan taktik perang yang keras dengan cara orang-orang Cina, Melayu dan India yang disyaki bekerjasama dengan orang Jepun akan dibunuh, sementara wanita Melayu yang diculik digunakan sebagai tebusan sebagaimana juga dilakukan oleh orang Jepun . Hal Ini membawa kepada serbuan balas daripada beberapa orang Melayu yang terjejas akibat serangan memutuskan untuk bekerjasama dengan orang Jepun. Ini secara tidak langsung membawa kepada konflik etnik, terutamanya apabila propaganda etnik dimusnahkan oleh kedua belah pihak, menyebabkan kehilangan banyak nyawa yang tidak bersalah terutama dari mereka yang tidak terlibat di kedua-dua pihak. Pasukan bersekutu melancarkan Operasi Tiderace dan Operasi Zipper untuk membebaskan Malaya dan Singapura. Dalam tempoh lima minggu sebelum British meneruskan kawalan ke atas Malaya berikutan penyerahan Jepun pada 16 Ogos 1945, MPAJA muncul sebagai kuasa de facto di wilayah Malaya.

Johor dan seluruh Malaya secara rasmi ditempatkan di bawah Pentadbiran Tentera British (BMA) pada bulan September 1945 dan MPAJA dibubarkan pada Disember selepas Setiausaha Agungnya, Lai Teck (yang juga merupakan ejen ganda untuk British), menerima pengembalian penjajah British dan mengamalkan perjuangan "terbuka dan sah" untuk matlamat ideologi mereka dengan kebanyakan ahli menerima pingat dari British pada tahun berikutnya. Kemudian terdapat pertikaian antara British dan CPM sejak British telah kembali dan Lai Teck telah hilang dengan dana CPM. Pentadbiran parti diambil alih oleh Chin Peng yang meninggalkan "strategi sederhana" yang memihak kepada "perang revolusi rakyat", yang memuncak dalam Darurat Tanah Melayu 1948. Dalam tempoh kecemasan, serangan besar-besaran oleh CPM berlaku di Daerah Kulai masa ini dan bahagian lain di Malaya, tetapi gagal menubuhkan "zon bebas" gaya Mao Zedong.

Pertempuran antara tentera British Malaya dan pemberontak Komunis membawa kepada pembentukan Malayan Union pada 1 April 1946 dan pengisytiharan kemerdekaan Persekutuan Tanah Melayu pada 31 Ogos 1957. Pada masa kemerdekaan terdapat tiga blog politik: komunis, pro-British, dan gabungan bangsa. Sisi pro-British dibahagikan antara Kesatuan Demokratik Malaya (MDU) yang dikuasai oleh orang Cina dan Eurasia yang berbahasa Inggeris yang bekerjasama dengan kaum nasionalis Melayu sayap kiri "untuk Tanah Melaya yang merdeka yang juga termasuk Singapura" dan satu lagi pro - Pihak Britain yang terdiri daripada Baba Nyonya di bawah Persatuan Baba Nyonya Selat (SCBA), yang cuba mengekalkan status dan keistimewaan mereka yang diberikan sebagai kesetiaan mereka kepada British semasa era Negeri Selat dengan tetap berada di bawah pentadbiran British. Sementara itu, gabungan perikatan yang terdiri daripada Pertubuhan Kebangsaan Melayu Bersatu (UMNO) yang terkemuka dalam persekutuan dengan Kongres India Malaysia (MIC) dan Persatuan Cina Malaysia (MCA), menuntut Tanah Melayu bebas berdasarkan dasar keistimewaan kaum dan keagamaan dan akhirnya memenangi Pilihan raya umum Malaya tahun 1955, dengan ibu negeri Johor Bahru menjadi pusat parti UMNO.

Pembentukan Malaysia 1963

Senjata tentera Indonesia yang berjaya dirampas ketika berlakunya Konfrontasi Indonesia pada 29 Oktober 1964 di Sungai Rambai sempadan Johor dengan Melaka

Pada tahun 1961, Perdana Menteri Persekutuan Tanah Melayu Tunku Abdul Rahman ingin menyatukan Tanah Melayu dengan jajahan British Borneo Utara, Sarawak dan Singapura. Walaupun semakin banyak bertentangan daripada kerajaan Indonesia di bawah pemerintahan Presiden Soekarno dan Filipina serta daripada kelompok Komunis dan nasionalis di Borneo. Persekutuan itu direalisasikan pada 16 September 1963 dengan nama Malaysia. Kerajaan Indonesia kemudiannya melancarkan "dasar konfrontasi" ke arah persekutuan baru yang mendorong British dan sekutu mereka Australia dan New Zealand untuk menggunakan angkatan tentera bersenjata. Daerah Pontian menjadi titik pendaratan pantai untuk tentera amfibi Indonesia semasa konfrontasi manakala Labis dan Tenang di Daerah Segamat menjadi titik pendaratan bagi para komando Indonesia yang agresif untuk serangan subversif dan sabotaj. Beberapa pertemuan berlaku di Daerah Kota Tinggi, di mana sembilan orang tentera Malaya / Singapura dan separuh daripada penyusup udara Indonesia terbunuh dan yang lain ditawan oleh Indonesia. Meskipun terdapat beberapa serangan yang juga meragut beberapa orang awam, pihak Indonesia tidak dapat mencapai matlamat utama mereka, dan konfrontasi itu berakhir pada tahun 1966 berikutan perjuangan politik dalaman di Indonesia akibat Gerakan 30 September.