Abad ke-20

Pada tahun 1962, tujuh Moro Filipina bersenjata dengan golok menyerangi bandar Kunak dan merompak ahli perniagaan di sana. Tujuh orang Moro Filipina itu sekali lagi menyerang pada tahun 1963, kali ini menyerangi bandar Semporna dan membunuh sebilangan orang penduduk.[28] Pada bulan Oktober 1979, bot penumpang dalam perjalanan ke Semporna dari Lahad Datu dengan 48 penumpang telah diserang dan terpaksa berpatah balik ke Pulau Adal. Tiga penumpang ditembak mati, seorang wanita telah dirogol dan yang lain telah dibawa ke Filipina tetapi tidak lama lagi kembali oleh pasukan keselamatan Filipina. Pada tahun 1980, satu kumpulan yang terdiri daripada 6-8 orang Moro menyerang sebuah pulau berhampiran Semporna dengan M-16, membunuh penduduk kampung ketika mereka tidur. Pada akhirnya, tujuh penduduk kampung terbunuh manakala 11 yang lain tercedera. Pada tahun 1982, satu kumpulan orang-orang Moro sekali lagi menyerang hendap sebuah kampung di Timba-Timba, mereka mula menembak, merompak dan membunuh penduduk kampung. Motif yang tidak lama lagi didapati menjadi sebuah dendam. Walaupun kejadian itu pada tahun 1985 dianggap sebagai salah satu kejadian yang paling menakutkan apabila 21 orang terbunuh dan 11 lagi cedera. Sebagai tindakan balas, lima daripada penceroboh kemudian telah dibunuh oleh polis marin Malaysia manakala yang lain berjaya melarikan diri. Pada akhir tragedi itu, salah seorang mangsa berkata;

Saya tidak boleh membantu tertanya-tanya mengenai kerajaan kami, yang tidak boleh seolah-olah untuk membela kami terhadap penjarah ini.[35]

Pada tahun 1987, dua pengurus berbangsa Jepun telah terbunuh manakala yang lain tercedera selepas dua belas gunmens menyerang sebuah kilang di pulau Boheydulang, memaksa syarikat itu untuk ditutup dan memindahkan kilang mereka ke Indonesia.[34] Pada tahun 1996, dua kumpulan bersenjata berasingan dari Selatan Filipina menyerang pekan Semporna, kumpulan pertama menyerang balai polis dengan melemparkan satu bom ikan manakala kumpulan kedua berjaya mencuri barang kemas bernilai kira-kira RM100,000 di sebuah kedai emas. Semasa kejadian tembak-menembak, dua orang daripada ahli kumpulan telah ditangkap oleh polis dengan 200 peluru pulih daripada mereka. Walau bagaimanapun, yang lain berjaya melarikan diri. Pada bulan Mac 1996, serangan lain oleh 10-20 orang Moro berlaku kepada bandar Semporna apabila tiga kumpulan bersenjata berasingan menyerang tempat-tempat yang berbeza pada masa yang sama. Kumpulan pertama menyerang ibu pejabat polis manakala kumpulan kedua menyerang balai polis. Ia diakui pertama dan motif kumpulan kedua adalah untuk melewatkan masa sementara membiarkan kejayaan kumpulan ketiga dalam merompak sebuah kedai emas. Tiada sebarang tangkapan dibuat dan semua penceroboh berjaya melarikan diri dengan RM200,000. Sekali lagi pada bulan Julai 1996, empat lelaki bersenjata menyerang sebuah kedai emas di Tawau dan berjaya mencuri barang kemas bernilai kira-kira RM150,000. Walau bagaimanapun, salah satu lelaki bersenjata kemudian membuat kesilapan apabila beliau berundur ke sebuah kampung pelarian di Tawau di mana beliau telah ditembak mati oleh polis. Selepas sejam penyiasatan, 5 lelaki bersenjata yang lain dari kumpulan lain telah dibunuh oleh pihak polis.[34]

Abad ke-21

Pada tahun 2000, kumpulan Abu Sayyaf menculik sejumlah besar tebusan. 10 daripada pelancong dari Eropah dan Timur Tengah manakala 11 ialah pekerja resort Malaysia. Semua tebusan kemudiannya diselamatkan oleh pasukan keselamatan Filipina di Jolo, Sulu. Pada tahun 2003, enam orang asing telah diculik oleh 10 lanun Moro. Pada tahun 2004, dua orang Sarawak dan satu orang Indonesia telah diculik oleh kumpulan berpangkalan Abu Sayyaf. Pada tahun 2005, lima orang Filipina menculik tiga anak kapal Indonesia syarikat perdagangan berpangkalan Sandakan berhampiran Pulau Mataking luar Semporna. Pada tahun 2010, seorang anak kapal nelayan telah ditangkap oleh lelaki bersenjata Filipina apabila bot mereka tersesat ke dalam perairan Filipina berhampiran Pulau Boan. Semua kru kemudiannya dibebaskan tanpa sebarang wang tebusan dibayar. Juga pada tahun yang sama, pengurus dan penyelia rumpai laut telah diculik oleh empat orang Filipina bersenjata di Pulau Sebangkat. Kedua-dua mangsa telah dibebaskan 11 bulan kemudian. Pada tahun 2011, sepuluh orang Filipina bersenjata telah menculik seorang ahli perniagaan Malaysia.[28] Pada 11 Februari 2013, sekumpulan kira-kira 100–200 individu, beberapa daripada mereka bersenjata, tiba dengan bot di Lahad Datu, Sabah dari pulau Simunul, Tawi-Tawi di selatan Filipina.[53] Mereka telah dihantar oleh Jamalul Kiram III, salah seorang daripada pihak yang menuntut untuk takhta Kesultanan Sulu. Matlamat mereka adalah untuk menegaskan tuntutan wilayah yang tidak dapat diselesaikan kepada Borneo Utara. Ketika krisis pencerobohan itu, 68 daripada pengikutnya telah dibunuh termasuk 2 orang awam dan 10 angkatan Malaysia.[54][55][56] Pada bulan November 2013, militan Abu Sayyaf yang disyaki telah membunuh seorang killed seorang rakyat Taiwan di Pulau Pom Pom dan membebaskan isterinya sebulan kemudian di selatan Filipina.[57]

Pada bulan Januari 2014, satu percubaan pencerobohan lanjut oleh unsur-unsur asing di Sabah telah pun disekat oleh pasukan keselamatan Malaysia.[58] Pada 2 April 2014, seorang pelancong rakyat China dan Filipina telah diculik luar Singamata Adventures Reef and Resort, Semporna. Dua bulan kemudian, mereka telah diselamatkan oleh pasukan keselamatan Malaysia dan Filipina. Pada 6 Mei 2014, penculikan lain yang melibatkan seorang rakyat China berlaku di Silam, berdekatan kawasan Lahad Datu di Sabah.[57] Dia kemudian dibebaskan pada 10 Julai.[59] Pada 16 Jun, seorang pembiak baka ikan dan seorang pekerja Filipina diculik luar Kunak.[32][60] Pengurus ladang ikan itu dibebaskan pada 13 Disember dengan bantuan dua perunding Filipina, dengan salah seorang daripada mereka ialah seorang pemimpin Barisan Pembebasan Kebangsaan Moro.[33] Pada 12 Julai, seorang anggota polis telah ditembak mati dan seorang lagi anggota polis marin telah diculik di Mabul Water Bungalows Resort, pulau Mabul.[61] Pada bulan Oktober 2014, dua nelayan Vietnam yang bekerja untuk majikan Melayu, telah ditembak oleh lanun Filipina. Kesemua mereka kemudiannya telah diselamatkan oleh pasukan keselamatan Malaysia dan dihantar ke Hospital Queen Elizabeth di Kota Kinabalu, Sabah.[62][63]